Paralelização de softwares cristalográficos em estrutura de clusters Beowulf para uso da SMolBNet-FAPESP

• Processo: 03/12548-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de fevereiro de 2004
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2005
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Pesquisador responsável: Walter Filgueira de Azevedo Junior
• Beneficiário: Alexandre Augusto Caramanti Coconesi
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Simulated annealing Cristalografia de proteínas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cluster | Cristalografia | Paralelizacao | Simulated Annealing | Xpior

Resumo

A proposta deste projeto é paralelizar em um cluster Beowulf o método de recozimento simulado, utilizado no processo de refinamento de uma proteína, devido ao fato de este método exigir grande poder de processamento computacional. Uma vez que neste método são realizados vários cálculos matriciais e várias operações em ponto flutuante para determinar as coordenadas atômicas de uma proteína, se toma viável sua paralelização em clusters de grande porte. A paralelização do método de recozimento agilizará significativamente o processo de refinamento da estrutura cristalográfica, uma vez que a escolha do melhor protocolo de refinamento será totalmente automatizada. (AU)