Ontologias e bancos de dados para pesquisa em genômica funcional de Schistosoma mansoni

• Processo: 04/02338-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2004
• Data de Término da vigência: 29 de fevereiro de 2008
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Sergio Verjovski Almeida
• Beneficiário: Thiago Motta Venâncio
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Banco De Dados | Expressao Genica | Genomica Funcional | Ontologias | Schistosoma Mansoni

Resumo

A adoção de ontologias biológicas tem como objetivo primordial superar o problema da heterogeneidade de termos normalmente encontrada. KEGG e Gene Ontology são bons exemplos disso. Um esquema de adoção de ontologias consiste na adoção de múltiplas ontologias simples e organizadas em níveis independentes. Além das ontologias, outro fator importante no armazenamento eficiente de grandes volumes de informações são os bancos de dados biológicos. Bons exemplo são GenBank e SWISS-PROT. O projeto visa consolidar as ontologias gênicas já existentes para o transcriptoma de Schistosoma mansoni (SmAEs), através de programas a serem desenvolvidos, e organizar um vocabulário de ontologias em níveis independentes. Isso possibilitará a implementação segura de um banco de dados relacionai, organizado em níveis independentes, a ser abastecido com dados de experimentos de expressão gênica. Outra etapa do projeto é elaborar um programa que cheque as vias metabólicas nas quais cada SmAE deve estar envolvido. Desta maneira, o trabalho objetiva produzir ferramentas que permitam definir ortólogos com segurança e implementar um banco de dados com perfis de expressão gênica. A definição segura de ortólogos e a integração de dados de expressão desses ortólogos é um excelente caminho para formular novas hipóteses sobre aspectos funcionais de certos genes e suas inter-relações gênicas durante o ciclo de vida do parasita. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

VENÂNCIO, Thiago Motta. Análise computacional da expressão gênica no parasita protostomado Schistosoma mansoni.. 2008. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.