Biodiversidade, genômica comparativa e evolução da família Vibrionaceae

• Processo: 04/06205-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Jovens Pesquisadores
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2004
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2006
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia
• Pesquisador responsável: Fabiano Lopes Thompson
• Beneficiário: Fabiano Lopes Thompson
• Instituição Sede: Centro Pluridisciplinar de Pesquisas Químicas, Biológicas e Agrícolas (CPQBA). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Paulínia , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 04/00814-9 - Biodiversidade, genômica comparativa e evolução na família Vibrionaceae (bactéria), AP.JP
• Assunto(s): Zoologia (classificação) Vibrio Oceanos e mares
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Ambiente Marinho | Aquacultura | Genomica | Mlst | Taxonomia Polifasica | Vibrios

Resumo

Este projeto será desenvolvido em quatro anos. A primeira etapa enfocará a genômica comparativa de vibrios e espécies vizinhas. O objetivo desta análise é ampliar o conhecimento sobre as relações das diversas espécies de vibrios em nível genômico e selecionar genes homólogos potenciais para serem empregados num esquema de Multi Locus Sequence Typing (MLST; Maiden et al., 1998). A partir destes genes será feito o design the primers universais. Subsequentemente, serão analisados os diferentes loci (n=7) numa coleção de aproximadamente 250 strains de referência de vibrios que aparecem dentro da família Vibrionaceae e relativas i.e. Enterobacteriaceae, Photobacteriaceae e Salinivibrionaceae (Thompson, 2003). A biodiversidade de vibrios será avaliada através de amostragens em diversos habitats marinhos dentro do território brasileiro, principalmente no estado de São Paulo. É previsto o isolamento e a subsequente análise de 500-600 strains ambientais. Esta coleção de strains será analisada seguindo os fundamentos da taxonomia polifásica (Thompson et al., 2002; Vandamme et al., 1996). Strains representativas desta coleção serão analisadas por MLST. Os dados de MLST de vibrios serão utilizados para a criação de um website. Neste website cada espécie terá uma sequência concatenada típica que possibilitará sua identificação online por qualquer pesquisador. O site será atualizado periodicamente com a descrição de novas espécies. (AU)