Identificacao de novos genes humanos atraves da exploracao racional do banco de dados do projeto genoma do cancer humano (hcgp).

• Processo: 04/11774-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2005
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2007
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Luiz Fernando Lima Reis
• Beneficiário: Barbara Pereira de Mello
• Instituição Sede: Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer (ILPC). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 98/14335-2 - Antonio Prudente Cancer Research Center, AP.CEPID
• Assunto(s): Etiquetas de sequências expressas Técnica ORESTES
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Arrays | Ests | Hcgp | Mo Match | Orestes

Resumo

Para o entendimento das bases genéticas de um organismo é importe que se determine os genes de seu genoma. Isso vem sendo possível graças a tecnologia de seqüenciamento que permitiu com que surgissem os projetos genomas. O Projeto Genoma do Câncer Humano produziu 1.190.044 ORESTES a partir de extratos de RNA de 24 diferentes tipos de tecidos normais e tumorais, geradas a partir de 5.515 mini-bibliotecas. Cerca de 30% das seqüências obtidas neste projeto foram classificadas como "No Matches", por não se alinharem com nenhuma seqüência até então depositadas nos bancos de dados públicos. Acreditando na existência de uma parcela dessas ESTs que possam representar novos genes humanos, por exemplo com baixa expressão, foi desenvolvido um trabalho no laboratório de Biologia Computacional do Hospital do Câncer, objetivando reavaliar estas seqüências através criação de um pipeline que adotou critérios para maximizar a chance de identificação in silico destes novos genes. A partir dos dados gerados com a utilização deste pipeline, este projeto visa a utilização de cerca de 1.500 seqüências ORESTES com maior probabilidade de representarem novos transcritos, para a construção de um cDNA array que será hibridizado com cDNAs derivados de 10 tecidos humanos normais ou tumorais, num total de 20 tecidos. A análise dos dados gerados por estes arrays nos levará à confirmação de um conjunto de cDNAs que verdadeiramente representam novos genes humanos. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MELLO, BARBARA P.; ABRANTES, EDUARDO F.; TORRES, CESAR H.; MACHADO-LIMA, ARIANE; FONSECA, ROGRIO DA SILVA; CARRARO, DIRCE M.; BRENTANI, RICARDO R.; REIS, LUIZ F. L.; BRENTANI, HELENA. No-match ORESTES explored as tumor markers. Nucleic Acids Research, v. 37, n. 8, p. 2607-2617, MAY 2009. (07/01549-5, 04/11774-8, 07/55791-1)