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Caracterização de novas espécies de Streptomyces associadas à sarna da batata no Brasil

Texto completo
Autor(es):
Daniele Bussioli Alves Corrêa
Número total de Autores: 1
Tipo de documento: Tese de Doutorado
Imprenta: Campinas, SP.
Instituição: Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia
Data de defesa:
Membros da banca:
Suzete Aparecida Lanza Destéfano; Fabiana Fantinatti Garboggini; Ivan Paulo Bedendo; Alessandra Alves de Souza; Welington Luiz de Araújo
Orientador: Suzete Aparecida Lanza Destéfano
Resumo

A sarna da batata é uma doença de ocorrência generalizada nas regiões produtoras do Brasil, tornando-se um fator limitante no cultivo dessa cultura. Essa doença afeta a qualidade da batata por lesões na superfície do tubérculo, que diminuem seu valor comercial ou impedem a comercialização. Diferentes espécies do gênero Streptomyces são causadoras dessa doença e o levantamento das espécies patogênicas presentes em regiões produtoras do Brasil é um fator primordial para a realização de medidas de manejo. O presente trabalho teve por objetivo a caracterização de 57 linhagens de Streptomyces, consideradas possíveis novas espécies associadas à sarna da batata no Brasil, por meio de taxonomia polifásica. Foi realizada a caracterização morfológica, bioquímica, patogênica (genes nec1, tomA e txtAB e testes de patogenicidade in vitro em rabanete e batata) e molecular (primers específicos para S. acidiscabies, S. scabiei e S. turgidiscabies, PCR-RFLP do gene atpD, análises de multilocus - genes atpD, gyrB, recA, rpoB, trpB e do gene 16S RNAr) das linhagens. Utilizando-se as técnicas de PCR-RFLP do gene atpD e análise de sequências dos genes atpD e rpoB as linhagens foram, inicialmente, separadas em 20 grupos genéticos (G1 a G20). Esses grupos apresentaram alta heterogeneidade com relação à morfologia da cadeia de esporos, à produção de pigmentos e ao aspecto e coloração das colônias e dos esporos, bem como na utilização de diferentes fontes de carbono. Das 57 linhagens analisadas, 24 (35,3%) apresentaram amplificação dos três genes de patogenicidade avaliados, seis (8,8%) não apresentaram nenhum dos genes e 38 (55,9%) apresentaram diferentes combinações com ausência de um ou mais genes. Todas as linhagens mostraram-se patogênicas ao rabanete causando sintomas de necrose, inchaço radial e/ou nanismo da parte aérea e raiz, no entanto, apresentaram diferenças no grau de virulência. As linhagens mais virulentas também foram avaliadas em testes de patogenicidade em fatias de batata e a agressividade das mesmas, determinada pela extensão e profundidade da necrose, foi dependente da cultivar testada, sendo que todas as variedades avaliadas foram suscetíveis. A relação filogenética das linhagens foi estabelecida junto às principais espécies de Streptomyces fitopatogênicas e a maioria dos grupos genéticos ficou alocada em ramos distintos e/ou com baixos valores de similaridade de sequências. O grupo G11 ficou filogeneticamente próximo de S. scabiei e suas genomoespécies e o G7 próximo de S. turgidiscabies/S. reticuliscabiei, porém, esses grupos não apresentaram amplificação com primers espécie-específicos e apresentaram características morfológicas diferentes. Os dados moleculares, associados às características morfológicas, bioquímicas e patogênicas das linhagens, permitiram a confirmação de que os grupos genéticos representam pelo menos 34 novas espécies de Streptomyces fitopatogênicas no Brasil. Os polimorfismos nas sequências do gene atpD permitiram o desenvolvimento de primers específicos para as espécies S. caviscabies/S. setonii (Cavis1F/Cavis4R) e S. scabiei (ScADF2/ScADR1). A especificidade desses primers foi confirmada em experimentos de amplificação utilizando-se DNAs de outras espécies de Streptomyces causadoras da sarna da batata. O nível de sensibilidade da técnica de PCR utilizando-se os primers Cavis1F/Cavis4R foi de 0,1 pg. Ainda, nas análises de AFLP, a combinação de primers E21/M16 foi selecionada como marcador molecular para estudos taxonômicos dentro do grupo de espécies de Streptomyces fitopatogênicas (AU)

Processo FAPESP: 11/02994-8 - IDENTIFICAÇÃO DE NOVAS ESPÉCIES DE Streptomyces ASSOCIADAS À SARNA DA BATATA NO BRASIL
Beneficiário:Daniele Bussioli Alves Corrêa
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado