Inovações em técnicas de alinhamentos múltiplos e predições de genes

Autor(es)

Vitor Ferreira Onuchic

• Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
• Imprenta: São Paulo.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI)
• Data de defesa: 2012-10-05
• Orientador: Alan Mitchell Durham

Resumo

Neste trabalho foram abordados dois problemas: alinhamento de sequências e predição de genes. Estes dois problemas, apesar de serem distintos, tem grande relação entre si. Assim, uma proposta deste trabalho foi uma técnica, baseada em transformações de consistência, que permite a integração entre os modelos pair HMM (utilizado para alinhamento entre pares de sequências) e GHMM (utilizado em predição de genes), de maneira que as predições de genes para um conjunto de sequências genômicas sejam consistentes com o alinhamento entre essas sequências. Além disso, apresentamos dois novos algoritmos relacionados à predição de genes utilizando GHMMs (AU)

• Processo FAPESP: 10/04409-2 - Desenvolvimento de um sistema de alinhamento múltiplo utilizando GPHMMs
• Beneficiário: Vitor Ferreira Onuchic
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado