GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para reconstrução de sequências e sua aplicação em dados de sequenciamento de nova geração.

Autor(es)

André Luiz de Oliveira

• Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
• Imprenta: São Paulo.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Ciências Biomédicas (ICB/SDI)
• Data de defesa: 2012-08-14

Membros da banca

Arthur Gruber; Paulo Sérgio Lopes de Oliveira; Gerhard Wunderlich

• Orientador: Arthur Gruber

Resumo

O programa GenSeed, descrito previamente pelo nosso grupo, implementa um método de montagem progressiva dirigida por semente, o qual permite reconstruir sequências de DNA para montagem alvo-específicas partindo-se de sequências semente curtas de DNA ou proteína. Esse programa pode ser aplicado para a reconstrução de fragmentos genômicos, extracromossômicos e cDNAs, mas não é adequado para a reconstrução de sequências utilizando sementes e bases de dados derivadas de amostras heterólogas. O presente trabalho teve como objetivo o desenvolvimento do GenSeed-HMM, uma versão do GenSeed, capaz de utilizar HMMs de perfis como sementes para a reconstrução de sequências específicas, e de processar dados gerados pelas novas plataformas de sequenciamento, incluindo leituras curtas. Este trabalho relata a implementação do programa GenSeed-HMM, e sua validação utilizando dados reais de diferentes plataformas de sequenciamento, originados de procariotos, eucariotos, bem como de amostras metagenômicas. (AU)

• Processo FAPESP: 10/04609-1 - GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para a reconstrução de sequências e aplicação na descoberta de novos vírus
• Beneficiário: André Luiz de Oliveira
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado