CV Lattes
Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Química (IQ) (Instituição-sede da última proposta de pesquisa) País de origem: Brasil
Possui graduação em Engenharia de Alimentos pela Universidade Federal de Lavras, e mestrado e doutorado em Química (Físico-Química) pela Universidade Estadual de Campinas, com passagem pelo National Institute for Nanotechnology da University of Alberta, no Canadá. Após posição de pós-doutorado no Depto. de Físico-Química da Unicamp e no National Bioenergy Center do National Renewable Energy Laboratory (NREL), Estados Unidos, atuou como Pesquisador na área de Biocatálise Computacional do Laboratório Nacional de Biorrenováveis (LNBR) - Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais (CNPEM). Atualmente, é Professor Adjunto do Instituto de Química da Universidade Federal do Rio de Janeiro (IQ-UFRJ). Tem experiência na área de Química Teórica e Computacional de sistemas biomoleculares, atuando nos seguintes temas: simulações de dinâmica molecular, cálculos de energia livre e métodos de amostragem de eventos raros, mecanismos de reações enzimáticas, teoria molecular de solvatação. Possui interesse em sistemas biomoleculares relacionados à síntese de biocombustíveis e biomateriais renováveis. (Fonte: Currículo Lattes)
| Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o(a) pesquisador(a) |
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O bagaço da cana-de-açúcar constitui uma abundante fonte de biomassa proveniente da agroindústria brasileira e apresenta elevado potencial para a produção de etanol de segunda geração. Um dos maiores desafios para o desenvolvimento de tecnologias voltadas para produção de biocombustíveis e produtos químicos de valor agregado a partir da cana-de-açúcar é a recalcitrância das paredes celula…
A biomassa lignocelulósica proveniente do bagaço da cana-de-açúcar é um material altamente promissor para a geração de biocombustíveis renováveis e ambientalmente positivos. A melhor opção para a conversão dessa biomassa em açúcares solúveis fermentáveis a etanol é a catálise enzimática. Esta é também a etapa mais cara do processo de obtenção de etanol de segunda geração devido à baixa ef…
Biomassa lignicelulósica constitui uma enorme fonte de biopolímeros que podem ser utilizados para a produção de biocombustíveis e produtos químicos com alto valor agregado. Devido à resistência natural à degradação das paredes celulares de plantas (recalcitrância), os coquetéis enzimáticos usualmente empregados para a despolimerização de seus componentes não são efetivos em aplicações ind…
| 2 | Bolsas no país concluídas |
| 1 | Bolsas no exterior concluídas |
| 3 | Todas as Bolsas |
| Processos vinculados | |
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
| Publicações | 23 |
| Citações | 619 |
| Cit./Artigo | 26,9 |
| Dados do Web of Science | |
SILVEIRA, RODRIGO L.; SKAF, MUNIR S.. Molecular dynamics of the Bacillus subtilis expansin EXLX1: interaction with substrates and structural basis of the lack of activity of mutants. Physical Chemistry Chemical Physics, v. 18, n. 5, p. 3510-3521, FEB 7 2016. Citações Web of Science: 10. (13/08293-7, 14/10448-1)
CAMILO, CESAR M.; POLIKARPOV, IGOR. High-throughput cloning, expression and purification of glycoside hydrolases using Ligation-Independent Cloning (LIC). Protein Expression and Purification, v. 99, p. 35-42, JUL 2014. Citações Web of Science: 21. (09/54035-4, 10/08680-2, 08/56255-9, 09/11536-3)
AUSTIN, HARRY P.; ALLEN, MARK D.; DONOHOE, BRYON S.; RORRER, NICHOLAS A.; KEARNS, FIONA L.; SILVEIRA, RODRIGO L.; POLLARD, BENJAMIN C.; DOMINICK, GRAHAM; DUMAN, RAMONA; EL OMARI, KAMEL; et al. Characterization and engineering of a plastic-degrading aromatic polyesterase. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, v. 115, n. 19, p. E4350-E4357, MAY 8 2018. Citações Web of Science: 67. (13/08293-7, 14/10448-1, 16/22956-7)
SILVEIRA, RODRIGO L.; STOYANOV, STANISLAV R.; KOVALENKO, ANDRIY; SKAF, MUNIR S.. Cellulose Aggregation under Hydrothermal Pretreatment Conditions. Biomacromolecules, v. 17, n. 8, p. 2582-2590, AUG 2016. Citações Web of Science: 28. (13/08293-7, 14/10448-1)
BUSSE-WICHER, MARTA; LI, AN; SILVEIRA, RODRIGO L.; PEREIRA, CAROLINE S.; TRYFONA, THEODORA; GOMES, THIAGO C. F.; SKAF, MUNIR S.; DUPREE, PAUL. Evolution of Xylan Substitution Patterns in Gymnosperms and Angiosperms: Implications for Xylan Interaction with Cellulose. Plant Physiology, v. 171, n. 4, p. 2418-2431, AUG 2016. Citações Web of Science: 31. (13/08293-7, 14/10448-1, 15/25031-1)
SILVEIRA, RODRIGO L.; STOYANOV, STANISLAV R.; GUSAROV, SERGEY; SKAF, MUNIR S.; KOVALENKO, ANDRIY. Supramolecular Interactions in Secondary Plant Cell Walls: Effect of Lignin Chemical Composition Revealed with the Molecular Theory of Solvation. Journal of Physical Chemistry Letters, v. 6, n. 1, p. 206-211, JAN 1 2015. Citações Web of Science: 28. (13/08293-7, 14/10448-1)
AMATO, ANGELICA A.; RAJAGOPALAN, SENAPATHY; LIN, JEAN Z.; CARVALHO, BRUNO M.; FIGUEIRA, ANA C. M.; LU, JENNY; AYERS, STEPHEN D.; MOTTIN, MELINA; SILVEIRA, RODRIGO L.; SOUZA, PAULO C. T.; et al. GQ-16, a Novel Peroxisome Proliferator-activated Receptor gamma (PPAR gamma) Ligand, Promotes Insulin Sensitization without Weight Gain. Journal of Biological Chemistry, v. 287, n. 33, p. 28169-28179, AUG 10 2012. Citações Web of Science: 53. (10/17048-8, 09/14108-2, 10/08680-2)
SKAF, MUNIR SALOMAO; POLIKARPOV, IGOR; STANKOVIC, IVANA M.. A linker of the proline-threonine repeating motif sequence is bimodal. Journal of Molecular Modeling, v. 26, n. 7, JUN 19 2020. Citações Web of Science: 0. (08/56255-9, 10/08680-2, 09/54035-4)
GALE, ELLA; WIRAWAN, REMIGIUS H.; SILVEIRA, RODRIGO L.; PEREIRA, CAROLINE S.; JOHNS, MARCUS A.; SKAF, MUNIR S.; SCOTT, JANET L.. Directed Discovery of Greener Cosolvents: New Cosolvents for Use in Ionic Liquid Based Organic Electrolyte Solutions for Cellulose Dissolution. ACS SUSTAINABLE CHEMISTRY & ENGINEERING, v. 4, n. 11, p. 6200-6207, NOV 2016. Citações Web of Science: 13. (13/08293-7, 14/10448-1, 15/25031-1)
LIBERATO, MARCELO V.; SILVEIRA, RODRIGO L.; PRATES, ERICA T.; DE ARAUJO, EVANDRO A.; PELLEGRINI, VANESSA O. A.; CAMILO, CESAR M.; KADOWAKI, MARCO A.; NETO, MARIO DE O.; POPOV, ALEXANDER; SKAF, MUNIR S.; et al. Molecular characterization of a family 5 glycoside hydrolase suggests an induced-fit enzymatic mechanism. SCIENTIFIC REPORTS, v. 6, APR 1 2016. Citações Web of Science: 9. (09/52840-7, 13/08293-7, 10/18773-8, 08/56255-9, 13/15582-5, 14/10448-1)
SILVEIRA, RODRIGO L.; SKAF, MUNIR S.. Molecular Dynamics Simulations of Family 7 Cellobiohydrolase Mutants Aimed at Reducing Product Inhibition. Journal of Physical Chemistry B, v. 119, n. 29, p. 9295-9303, JUL 23 2015. Citações Web of Science: 16. (13/08293-7, 14/10448-1)
SILVEIRA, RODRIGO L.; SKAF, MUNIR S.. Concerted motions and large-scale structural fluctuations of Trichoderma reesei Cel7A cellobiohydrolase. Physical Chemistry Chemical Physics, v. 20, n. 11, p. 7498-7507, MAR 21 2018. Citações Web of Science: 4. (13/08293-7, 14/10448-1)
MALLINSON, SAM J. B.; MACHOVINA, MELODIE M.; SILVEIRA, RODRIGO L.; GARCIA-BORRAS, MARC; GALLUP, NATHAN; JOHNSON, CHRISTOPHER W.; ALLEN, MARK D.; SKAF, MUNIR S.; CROWLEY, MICHAEL F.; NEIDLE, ELLEN L.; et al. A promiscuous cytochrome P450 aromatic O-demethylase for lignin bioconversion. NATURE COMMUNICATIONS, v. 9, JUN 27 2018. Citações Web of Science: 23. (13/08293-7, 14/10448-1, 16/22956-7)
PEREIRA, CAROLINE S.; SILVEIRA, RODRIGO L.; DUPREE, PAUL; SKAF, MUNIR S.. Effects of Xylan Side-Chain Substitutions on Xylan-Cellulose Interactions and Implications for Thermal Pretreatment of Cellulosic Biomass. Biomacromolecules, v. 18, n. 4, p. 1311-1321, APR 2017. Citações Web of Science: 25. (13/08293-7, 14/10448-1, 15/25031-1)
SEIKI KADOWAKI, MARCO ANTONIO; CAMILO, CESAR MOISES; MUNIZ, AMANDA BERNARDES; POLIKARPOV, IGOR. Functional Characterization and Low-Resolution Structure of an Endoglucanase Cel45A from the Filamentous Fungus Neurospora crassa OR74A: Thermostable Enzyme with High Activity Toward Lichenan and beta-Glucan. MOLECULAR BIOTECHNOLOGY, v. 57, n. 6, p. 574-588, JUN 2015. Citações Web of Science: 7. (10/08680-2, 08/56255-9, 09/54035-4, 11/20505-4, 09/11536-3)
PUHL, ANA C.; BERNARDES, AMANDA; SILVEIRA, RODRIGO L.; YUAN, JING; CAMPOS, JESSICA L. O.; SAIDEMBERG, DANIEL M.; PALMA, MARIO S.; CVORO, ALEKSANDRA; AYERS, STEPHEN D.; WEBB, PAUL; et al. Mode of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor gamma Activation by Luteolin. MOLECULAR PHARMACOLOGY, v. 81, n. 6, p. 788-799, JUN 2012. Citações Web of Science: 53. (07/58443-4, 10/08680-2)
SILVEIRA, RODRIGO L.; MARTINEZ, JULIAN; SKAF, MUNIR S.; MARTINEZ, LEANDRO. Enzyme Microheterogeneous Hydration and Stabilization in Supercritical Carbon Dioxide. Journal of Physical Chemistry B, v. 116, n. 19, p. 5671-5678, MAY 17 2012. Citações Web of Science: 26. (10/08680-2, 10/16947-9)
TEXTOR, LARISSA C.; COLUSSI, FRANCIELI; SILVEIRA, RODRIGO L.; SERPA, VIVIANE; DE MELLO, BRUNO L.; MUNIZ, JOAO RENATO C.; SQUINA, FABIO M.; PEREIRA, JR., NEI; SKAF, MUNIR S.; POLIKARPOV, IGOR. Joint X-ray crystallographic and molecular dynamics study of cellobiohydrolase I from Trichoderma harzianum: deciphering the structural features of cellobiohydrolase catalytic activity. FEBS Journal, v. 280, n. 1, p. 56-69, JAN 2013. Citações Web of Science: 32. (10/08680-2, 09/54035-4)
BLEICHER, LUCAS; PRATES, ERICA T.; GOMES, THIAGO C. F.; SILVEIRA, RODRIGO L.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; ROJAS, ADRIANA L.; GOLUBEV, ALEXANDER; MARTINEZ, LEANDRO; SKAF, MUNIR S.; POLIKARPOV, IGOR. Molecular Basis of the Thermostability and Thermophilicity of Laminarinases: X-ray Structure of the Hyperthermostable Laminarinase from Rhodothermus marinus and Molecular Dynamics Simulations. Journal of Physical Chemistry B, v. 115, n. 24, p. 7940-7949, JUN 23 2011. Citações Web of Science: 18. (10/08680-2, 10/16947-9, 09/14107-6, 10/18849-4)
PRATES, ERICA T.; STANKOVIC, IVANA; SILVEIRA, RODRIGO L.; LIBERATO, MARCELO V.; HENRIQUE-SILVA, FLAVIO; PEREIRA, JR., NEI; POLIKARPOV, IGOR; SKAF, MUNIR S.. X-ray Structure and Molecular Dynamics Simulations of Endoglucanase 3 from Trichoderma harzianum: Structural Organization and Substrate Recognition by Endoglucanases That Lack Cellulose Binding Module. PLoS One, v. 8, n. 3, MAR 14 2013. Citações Web of Science: 18. (09/54035-4, 10/08680-2, 08/56255-9)
SILVEIRA, RODRIGO L.; KNOTT, BRANDON C.; PEREIRA, CAROLINE S.; CROWLEY, MICHAEL F.; SKAF, MUNIR S.; BECKHAM, GREGG T.. Transition Path Sampling Study of the Feruloyl Esterase Mechanism. Journal of Physical Chemistry B, v. 125, n. 8, p. 2018-2030, MAR 4 2021. Citações Web of Science: 0. (15/25031-1, 17/01151-3, 16/22956-7, 13/08293-7, 14/10448-1)
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
SILVEIRA, Rodrigo Leandro. Aspectos moleculares da degradação de biomassa lignocelulósica : dinâmica de enzimas e nanoarquitetura de paredes celulares de plantas. Tese (Doutorado) - Instituto de Química. Universidade Estadual de Campinas. (10/08680-2)