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Aprendizado de máquina em biologia molecular de sistemas

Processo: 09/10382-2
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Regular
Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2010
Data de Término da vigência: 31 de julho de 2012
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Física - Física da Matéria Condensada
Pesquisador responsável:Ney Lemke
Beneficiário:Ney Lemke
Instituição Sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Assunto(s):Biologia computacional  Biologia de sistemas  Sistemas complexos  Redes reguladoras de genes  Genomas 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:bioinformática | Física aplicada à Medicina | Redes Biológicas | Sistemas Complexos | Física da Vida

Resumo

O desenvolvimento de técnicas de alta produção de dados está transformando a biologia em uma disciplina rica em dados. Neste projeto nós consideramos redes biológicas integradas que incluem interações gênicas envolvendo metabolismo regulação e interação proteína-proteína. Nós iremos desenvolver ferramentas de aprendizado de máquina que utilizarão informações topológicas integradas com dados de expressão, localização celular e organização dos genomas para extrair informações biológicas relevantes tais como alvos para drogas e genes morbidos em humanos ou ainda genes essenciais para bacterias. Nós também iremos investigar a estrutura de comunidades e procurar por motivos topológicos visando compreender a organização topológica de larga escala das células biológicas. (AU)

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Publicações científicas (7)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
COSTA, PEDRO RAFAEL; ACENCIO, MARCIO LUIS; LEMKE, NEY. Cooperative RNA Polymerase Molecules Behavior on a Stochastic Sequence-Dependent Model for Transcription Elongation. PLoS One, v. 8, n. 2, . (09/10382-2, 10/20684-3, 10/03338-4)
BOVOLENTA‚ L.; ACENCIO‚ M.; LEMKE‚ N.. The development of an open-access database for human transcriptional regulation interactions. BMC Bioinformatics, v. 12, n. Suppl 11, p. A10, . (09/10382-2, 10/20684-3)
LEMKE, N.; CAMPBELL, IAN A.. Stretched-exponential behavior and random walks on diluted hypercubic lattices. Physical Review E, v. 84, n. 4, p. 6-pg., . (09/10382-2)
LEMKE, N.; CAMPBELL, IAN A.. Stretched-exponential behavior and random walks on diluted hypercubic lattices. Physical Review E, v. 84, n. 4, 1, . (09/10382-2)
CARVALHO, DIEGO Z.; GERHARDT, GUENTHER J. L.; DELLAGUSTIN, GUILHERME; DE SANTA-HELENA, EMERSON L.; LEMKE, NEY; SEGAL, ALAN Z.; SCHOENWALD, SUZANA V.. Loss of sleep spindle frequency deceleration in Obstructive Sleep Apnea. CLINICAL NEUROPHYSIOLOGY, v. 125, n. 2, p. 306-312, . (09/10382-2)
BOVOLENTA, LUIZ A.; ACENCIO, MARCIO L.; LEMKE, NEY. HTRIdb: an open-access database for experimentally verified human transcriptional regulation interactions. BMC Genomics, v. 13, . (09/10382-2, 10/20684-3)
SCHOENWALD, SUZANA V.; CARVALHO, DIEGO Z.; DE SANTA-HELENA, EMERSON L.; LEMKE, NEY; GERHARDT, GUENTHER J. L.. Topography-specific spindle frequency changes in Obstructive Sleep Apnea. BMC NEUROSCIENCE, v. 13, . (09/10382-2)