Avanços na Teoria de Rearranjos de Genomas Baseada em Matrizes

Resumo

A comparação entre genomas pode ser feita de várias formas. Em muitas aplicações, é importante reduzir as diferenças entre dois genomas a um número real, que possa expressar a distância entre eles. Nos últimos anos, uma das distâncias mais usadas foi a chamada distância DCJ, que une apelo biológico a eficiência de cálculo computacional. A chamada distância algébrica, relacionada à distância de posto entre matrizes, é uma outra candidata gozando de características semelhantes, mas não foi tão explorada.Neste projeto, tencionamos estudar o comportamento da distância de posto em situações já examinadas para a distância DCJ, incluindo determinar o espaço de soluções ótimas de rearranjos, examinar o seu uso para reconstrução filogenética, e estudá-la acrescida de inserções e deleções, e em presença de duplicações.Nossa aposta para vencer os desafios que se apresentam para os objetivos planejados se apoia no avanço da teoria matricial de rearranjo de genomas, onde cremos que a distância de posto apresentará propriedades algébricas que a distância DCJ não possui.