Prospecção de vírus e elementos móveis ruminais em bovinos Nelore associados à eficiência alimentar

Resumo

Sistemas de produção de bovinos tem importante impacto ambiental pela produção de metano a partir da fermentação microbiana ruminal. A geração de metano entérico é reconhecidamente associada à genética do animal e ao microbioma do rúmen, também está negativamente associada a eficiência alimentar em bovinos. Pouco é conhecido sobre a importância dos vírus no ecossistema ruminal, embora se reconheça que os vírus (em especial os bacteriófagos) se comportam como moduladores da função do microbioma ruminal juntamente com diferentes elementos genéticos móveis. Assim, o objetivo deste projeto é identificar populações virais e elementos móveis associados a microrganismos metanogênicos presentes em amostras de bovinos Nelore por meio da abordagem Hi-C e quantificação por PCR em tempo real dos vírus presentes em amostras de bovinos com alta e baixa eficiência alimentar. Amostras de conteúdo ruminal de 4 bovinos da raça Nelore foram coletadas e enviadas à empresa Phase Genomics para identificação de vírus e elementos móveis específicos de microorganismos associados ao processo de metanogênese. A composição do microbioma de 48 bovinos Nelore avaliados quanto à eficiência alimentar será estimada por análise metagenômica 16s-seq realizada em nosso laboratório. Até 5 vírus/elementos móveis específicos de microorganismos associados ao processo de metanogênese serão quantificados por PCR em tempo real nas amostras dos animais extremos para o fenótipo de eficiência alimentar. Estas abordagens serão fundamentais para caracterizar as relações entre vírus, elementos móveis e seus hospedeiros microbianos e para uso futuro como moduladores do microbioma e possível estratégia de mitigação de metano.