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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Modeling the coverage of an AFM tip by enzymes and its application in nanobiosensors

Texto completo
Autor(es):
Amarante, Adriano M. [1] ; Oliveira, Guedmiller S. [1] ; Bueno, Carolina C. [1] ; Cunha, Richard A. [2] ; Ierich, Jessica C. M. [1] ; Freitas, Luiz C. G. [3] ; Franca, Eduardo F. [2] ; Oliveira, Jr., Osvaldo N. [4] ; Leite, Fabio L. [1]
Número total de Autores: 9
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Univ Fed Sao Carlos, Dept Phys Chem & Math, Nanoneurobiophys Res Grp, BR-18052780 Sorocaba, SP - Brazil
[2] Univ Fed Uberlandia, Inst Chem, BR-38400902 Uberlandia, MG - Brazil
[3] Univ Fed Sao Carlos, Dept Chem, BR-13565905 Sao Carlos, SP - Brazil
[4] Univ Sao Paulo, Sao Carlos Inst Phys, BR-13566590 Sao Carlos, SP - Brazil
Número total de Afiliações: 4
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING; v. 53, p. 100-104, SEP 2014.
Citações Web of Science: 14
Resumo

A stochastic simulation of adsorption processes was developed to simulate the coverage of an atomic force microscope (AFM) tip with enzymes represented as rigid polyhedrons. From geometric considerations of the enzyme structure and AFM tip, we could estimate the average number of active sites available to interact with substrate molecules in the bulk. The procedure was exploited to determine the interaction force between acetyl-CoA carboxylase enzyme (ACC enzyme) and its substrate diclofop, for which steered molecular dynamics (SMD) was used. The theoretical force of (1.6 +/- 0.5) nN per enzyme led to a total force in remarkable agreement with the experimentally measured force with AFM, thus demonstrating the usefulness of the procedure proposed here to assist in the interpretation of nanobiosensors experiments. (C) 2014 Elsevier Inc. All rights reserved. (AU)

Processo FAPESP: 07/05089-9 - Desenvolvimento de nanobiossensores usando a espectroscopia de força atômica: aplicação na detecção de pesticidas
Beneficiário:Fabio de Lima Leite
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Apoio a Jovens Pesquisadores
Processo FAPESP: 10/00463-2 - Estudo de materiais biológicos usando a microscopia de força atômica
Beneficiário:Gabrielle de Almeida Ribeiro
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Processo FAPESP: 08/57859-5 - Controle biorracional de insetos pragas
Beneficiário:Maria Fátima das Graças Fernandes da Silva
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Temático
Processo FAPESP: 10/04599-6 - Estudo de "superfícies inteligentes" para desenvolvimento de nanobiossensores
Beneficiário:Aline Cristine Nanuh da Silva
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Mestrado
Processo FAPESP: 13/09746-5 - Desenvolvimento de nanobiossensores utilizando técnicas computacionais avançadas
Beneficiário:Gued Souza
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado