| Texto completo | |
| Autor(es): |
Fischer, Carlos N.
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Carareto, Claudia M. A.
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dos Santos, Renato A. C.
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Cerri, Ricardo
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Costa, Eduardo
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Schietgat, Leander
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Vens, Celine
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Número total de Autores: 7
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| Afiliação do(s) autor(es): | [1] UNESP Sao Paulo State Univ, Dept Stat Appl Maths & Comp Sci, Rio Claro, SP - Brazil
[2] UNESP Sao Paulo State Univ, Dept Biol, Sao Jose Do Rio Preto, SP - Brazil
[3] UNESP Sao Paulo State Univ, Inst Biosci, Rio Claro, SP - Brazil
[4] UFSCar Univ Fed Sao Carlos, Dept Comp Sci, Sao Carlos, SP - Brazil
[5] Univ Sao Paulo, Dept Comp Sci, Sao Carlos, SP - Brazil
[6] Katholieke Univ Leuven, Dept Comp Sci, Leuven - Belgium
[7] KU Leuven Kulak, Dept Publ Hlth & Primary Care, Kortrijk - Belgium
Número total de Afiliações: 7
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| Tipo de documento: | Artigo Científico |
| Fonte: | Bioinformatics; v. 31, n. 11, p. 1836-1838, JUN 1 2015. |
| Citações Web of Science: | 1 |
| Resumo | |
Profile hidden Markov models (profile HMMs) are known to efficiently predict whether an amino acid (AA) sequence belongs to a specific protein family. Profile HMMs can also be used to search for protein domains in genome sequences. In this case, HMMs are typically learned from AA sequences and then used to search on the six-frame translation of nucleotide (NT) sequences. However, this approach demands additional processing of the original data and search results. Here, we propose an alternative and more direct method which converts an AA alignment into an NT one, after which an NT-based HMM is trained to be applied directly on a genome. (AU) | |
| Processo FAPESP: | 12/24774-2 - Aplicação de Modelos Ocultos de Markov a elementos transponíveis |
| Beneficiário: | Carlos Norberto Fischer |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Exterior - Pesquisa |
| Processo FAPESP: | 10/10731-4 - Dinâmica evolutiva e regulação de elementos de transposição em populações e espécies de Drosophila |
| Beneficiário: | Claudia Marcia Aparecida Carareto |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Regular |