A framework radiation hybrid map of buffalo chromosome 1 ordering scaffolds from buffalo genome sequence assembly

Autor(es)

Stafuzza, N. B. ^[1] ; Naressi, B. C. M. ^[1] ; Yang, E. ^[2] ; Cai, J. J. ^[2] ; Amaral-Trusty, M. E. J. ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Estadual Paulista, Inst Biociencias Letras & Ciencias Exatas, Dept Biol, Sao Jose Do Rio Preto, SP - Brazil

^[2] Texas A&M Univ, Dept Vet Integrat Biosci, College Stn, TX - USA

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: Genetics and Molecular Research; v. 14, n. 4, p. 13096-13104, 2015.
• Citações Web of Science: 0

Resumo

River buffalo chromosome 1 (BBU1) is a sub-metacentric chromosome homologous to bovine chromosomes 1 and 27. In this study, we constructed a new framework radiation hybrid (RH) map from BBU1 using BBURH5000 panel adding nine new genes (ADRB3, ATP2C1, COPB2, CRYGS, P2RY1, SLC5A3, SLC20A2, SST, and ZDHHC2) and one microsatellite (CSSM043) to the set of markers previously mapped on BBU1. The new framework RH map of BBU1 contained 141 markers (55 genes, 2 ESTs, 10 microsatellites, and 74 SNPs) distributed within one to sequences from bovine chromosomes 1 and 27 revealed an inversion close to the telomeric region. In addition, we ordered a set of 34 scaffolds from the buffalo genome assembly UMD\_CASPUR\_WB\_2.0. The RH map could provide a valuable tool to order scaffolds from the buffalo genome sequence, contributing to its annotation. (AU)

• Processo FAPESP: 11/11889-3 - Região MHC do búfalo - organização molecular utilizando ferramentas genômicas de última geração
• Beneficiário: Maria Elisabete Jorge Amaral
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 11/02478-0 - Análise molecular da região MHC de búfalo utilizando ferramentas genômicas de última geração
• Beneficiário: Nedenia Bonvino Stafuzza
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado