Busca avançada
Ano de início
Entree


Protein Molecular Function Annotation Based on Transformer Embeddings

Texto completo
Autor(es):
de Oliveira, Gabriel Bianchin ; Pedrini, Helio ; Dias, Zanoni ; Xavier-Junior, JC ; Rios, RA
Número total de Autores: 5
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: INTELLIGENT SYSTEMS, PT II; v. 13654, p. 11-pg., 2022-01-01.
Resumo

The next-generation sequencing technologies decreased the cost of protein sequence identification. However, the cost of determining protein functions is still high, due to the laboratory methods needed. With that, computational models have been used to annotate protein functions. In this work, we present and discuss a new approach for protein Molecular Function prediction based on Transformers embeddings. Our method surpassed state-of-the-art classifiers when it used only the amino acid sequence as input and when it employed amino acid sequence and homology search in F-max and AuPRC metrics. (AU)

Processo FAPESP: 17/12646-3 - Déjà vu: coerência temporal, espacial e de caracterização de dados heterogêneos para análise e interpretação de integridade
Beneficiário:Anderson de Rezende Rocha
Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
Processo FAPESP: 19/20875-8 - Classificação de imagens de radiografias de tórax utilizando redes neurais profundas
Beneficiário:Vinicius Teixeira de Melo
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
Processo FAPESP: 15/11937-9 - Investigação de problemas difíceis do ponto de vista algorítmico e estrutural
Beneficiário:Flávio Keidi Miyazawa
Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
Processo FAPESP: 17/16246-0 - Análise de mídias sensíveis usando arquiteturas de aprendizado profundo
Beneficiário:Sandra Eliza Fontes de Avila
Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular