Desenvolvimento de metodologia para simular docking flexível com alterações específicas na estrutura primária e as aplicações dessa metodologia para estudar interação proteína-proteína, proteína-ligante e resistência de patógenos a drogas

Resumo

Há vários métodos distintos para simular docking molecular descritos na literatura, eles podem variar pelo tipo de campo de força que utilizam e pela forma como calculam a energia, pelos tipos de algoritmo de busca e otimização, pelo tipo de função de avaliação usada e também por implementar o docking rígido ou flexível. Hoje em dia, há um grande esforço para que as mudanças conformacionais tanto do ligante quanto da proteína sejam consideradas pelas metodologias e pelos softwares de docking molecular. Esse projeto de pesquisa possui como principal objetivo: aprimorar a metodologia denominada GANM e desenvolvida no auxílio regular à pesquisa anterior (Proc. 2007/05696-2). De forma, que esse método permita estuda o docking proteína-proteína e o efeito de mutações não sinônimas especificas, que estejam sobre pressão de seleção, no contexto de ligação com inibidores. (AU)