Mobilômica integrada em Coffea e seu inseto praga mais importante: a broca-do-café

Resumo

Elementos de transposição (TEs) são fragmentos de DNA cuja principal característica é de se moverem e se inserirem em praticamente qualquer local do genoma e por essa característica constituem ferramentas moleculares valiosas. Como os TEs estão distribuídos por todo o genoma e em várias cópias, constituem meios poderosos para a análise da diversidade genética, tanto no âmbito intrapopulacional e até mesmo dentro de variedades ou clones. O uso de ferramentas moleculares está se tornando disponível para o gênero Coffea com o desenvolvimento de grandes bases de dados moleculares, com sequenciamento genômico e transcriptômico aos quais temos acesso por meio de nossas colaborações internacionais. Contudo, o uso de ferramentas moleculares para o estudo da broca-do-café não no mesmo nível que sua espécie hospedeira. Dada a importância da broca-do-café, o Centro Nacional de Pesquisa do Café (CENICAFÉ) na Colômbia sequenciou o genoma desse coleóptero e obteve bancos de expressão gênica mediante sequenciamento Sanger, FLX-454 e RNA-Seq. Com o objetivo de desenvolver e aprofundar o conhecimento dessa espécie estabelecemos uma colaboração com pesquisadores do CENICAFE para a anotação dos TEs do genoma desse coleóptero. Neste estudo, os elementos de transposição do genoma e do transcriptoma de espécies do gênero Coffea e da broca-do-café, sua praga mais importante, serão anotados, classificados e caracterizados quanto a sua abundância, frequência, distribuição, variabilidade estrutural e sequências gênicas deles derivadas. A identificação dos padrões de inserção de TEs ativos propiciará a identificação de elementos que possam ser usados como marcadores genéticos para rastreabilidade e definição de genótipos de interesse para serem incluídos em programas de melhoramento (café) ou de controle populacional (broca), bem como de marcadores de resposta ao estresse ambiental. Adicionalmente, o uso de retrotransposons como marcadores moleculares pode permitir a identificação clara dos genitores do híbrido tetraploide C. arabica em termos de espécies parentais e grupos de diversidade permitindo melhores estratégias para o acompanhamento do patrimônio genético de descendentes de cruzamentos entre plantas (rastreabilidade) e para a conservação e manejo de recursos genéticos do café, que são de grande importância por causa das mudanças climáticas e rápida destruição das florestas primárias. (AU)