Análise da diversidade e expressão de retrotransposons ativos em espécies de Coffea

Resumo

A utilização de retrotransposons (RTs) como marcadores moleculares contribuem no entendimento da organização e da dinâmica em larga escala do genoma. Diversas características tornam os RTs bons marcadores moleculares, como sua atividade de integração, sua persistência e dispersão no genoma, bem como, a presença de estrutura e de motivos conservados em sua sequências. O uso dessas sequências repetidas como marcadores moleculares tem contribuído para o melhor entendimento da dinâmica evolutiva dos genomas, destaque para os genomas poliplóides, e da evolução dessas sequências repetidas. Espécies do gênero Coffea se destacam por sua importância econômica e pela ampla variedade tanto de espécies quanto de cultivares existentes. Alguns retrotransposons ativos tem sido identificados no gênero Coffea, e podem ser investigados como potenciais marcadores de diversidade genética. O presente projeto tem como objetivo avaliar o uso de seis RTs ativos, com diferentes níveis de atividades (pré-selecionados: Melmoth, Dea1, Tst1, Clem2, Clem6 e Rom13), como marcadores moleculares em seis espécies do gênero Coffea: o híbrido alotetraplóide, C. arabica e suas prováveis espécies parentais, C. canephora e C. eugenioides; e em três espécies aparentadas às espécies de estudo (C. heterocalyx, C. pseudozanguebariae e C. congensis); como também em cultivares de C. arabica submetidos a diferentes condições de estresse. Para isso, os RTs selecionados terão tanto sua estrutura completa caracterizada e seu perfil de expressão gerado, quanto serão utilizados na investigação como potenciais marcadores moleculares pelas técnicas de RBIP, SSAP, REMAP e IRAP. Assim, o presente projeto contribuirá na caracterização dos retrotransposons ativos em espécies do gênero Coffea, na obtenção da diversidade genética das mesmas, no entendimento de possíveis efeitos de estresse abiótico sobre a atividade dos RTs e, ainda, com informações no que concerne na evolução dessas sequências repetidas em genomas poliplóides.