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Acurácia de imputação para a sequência completa em bovinos da raça Nelore

Processo: 19/12434-1
Modalidade de apoio:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Data de Início da vigência: 15 de janeiro de 2020
Data de Término da vigência: 14 de janeiro de 2021
Área de conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Henrique Nunes de Oliveira
Beneficiário:Gerardo Alves Fernandes Júnior
Supervisor: Ben Hayes
Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Instituição Anfitriã: University of Queensland, Brisbane (UQ), Austrália  
Vinculado à bolsa:18/10109-3 - Identificação e análise de variantes genéticas obtidas a partir do sequenciamento do genoma de touros da raça Nelore, BP.PD
Assunto(s):Análise de sequência de DNA   Melhoramento genético animal   Técnicas de genotipagem   Acurácia   Imputação de dados   Gado Nelore
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Whole-genome sequencing | Utilização de dados de sequenciamento no melhoramento animal

Resumo

Avanços nas técnicas de sequenciamento de próxima geração associados com uma drástica redução nos custos de sequenciamento estão favorecendo o desenvolvimento de estratégias para explorar a sequência completa do DNA nas avaliações genéticas, teoricamente, incluindo as variantes causais. No entanto, o custo ainda é uma limitação para o sequenciamento de um grande número de animais. Uma alternativa viável tem sido sequenciar touros influentes da população com posterior imputação de dados de sequência para os animais genotipados a partir de painéis de SNPs. Nosso grupo de pesquisa possui um banco de dados com mais de 10.000 animais, de diferentes programas de melhoramento genético, genotipados com painéis Illumina de diferentes densidades de marcadores. Utilizando dados de sequenciamento de touros Nelore influentes da raça, podemos realizar a imputação desta população de referência para a sequência completa, o que aumentaria a quantidade de informação disponível por animal. Uma investigação prévia da acurácia de imputação é essencial para verificar a viabilidade deste processo. Esta questão será investigada no presente projeto de pesquisa visando gerar informações sobre a acurácia de imputação para sequência completa na raça Nelore, bem como definir a estratégia para imputar dados de sequência para os animais de uma base de dados Nelore com cerca de 10.000 animais genotipados. (AU)

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
FERNANDES JUNIOR, GERARDO ALVES; DE OLIVEIRA, HENRIQUE NUNES; CARVALHEIRO, ROBERTO; CARDOSO, DIERCLES FRANCISCO; FONSECA, LARISSA FERNANDA SIMIELLI; VENTURA, RICARDO VIEIRA; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Whole-genome sequencing provides new insights into genetic mechanisms of tropical adaptation in Nellore (Bos primigenius indicus). SCIENTIFIC REPORTS, v. 10, n. 1, . (09/16118-5, 19/12434-1, 18/10109-3, 18/20026-8, 17/10630-2)
FERNANDES JUNIOR, GERARDO A.; CARVALHEIRO, ROBERTO; DE OLIVEIRA, HENRIQUE N.; SARGOLZAEI, MEHDI; COSTILLA, ROY; VENTURA, RICARDO V.; FONSECA, LARISSA F. S.; NEVES, HAROLDO H. R.; HAYES, BEN J.; DE ALBUQUERQUE, LUCIA G.. Imputation accuracy to whole-genome sequence in Nellore cattle. GENETICS SELECTION EVOLUTION, v. 53, n. 1, . (17/10630-2, 19/12434-1, 09/16118-5, 18/10109-3, 18/20026-8)