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Otimização de ferramentas genômicas para investigar assinaturas de resistência em pacu (Piaractus mesopotamicus) à infecção por Aeromonas hydrophila

Processo: 22/09226-0
Modalidade de apoio:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Data de Início da vigência: 12 de maio de 2023
Data de Término da vigência: 11 de maio de 2024
Área de conhecimento:Ciências Agrárias - Recursos Pesqueiros e Engenharia de Pesca - Aquicultura
Pesquisador responsável:Fábio Porto-Foresti
Beneficiário:Vito Antonio Mastrochirico Filho
Supervisor: José Manuel Yáñez
Instituição Sede: Faculdade de Ciências (FC). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Bauru. Bauru , SP, Brasil
Instituição Anfitriã: Universidad de Chile, Chile  
Vinculado à bolsa:20/11049-4 - Base genética para a resistência à bactéria Aeromonas hydrophila em populações de Pacu (Piaractus mesopotamicus), BP.PD
Assunto(s):Melhoramento genético animal   Arquitetura genética   Resistência à doença   Técnicas de genotipagem   Polimorfismo de um único nucleotídeo
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Aeromoniose | Aquicultura sustentável | Arquitetura genética de resistência à doenças | Melhoramento genético | Painéis de genotipagem | polimorfismos de nucleotídeo único | Genética e Melhoramento Animal

Resumo

O desenvolvimento de ferramentas genômicas será útil para o desenvolvimento contínuo da produção de espécies nativas no Brasil, maximizando o ganho genético e, consequentemente, impulsionando novos cruzamentos seletivos para essas espécies. O objetivo deste estudo é desenvolver ferramentas genômicas direcionadas à identificação de assinaturas de resistência em pacu (Piaractus mesopotamicus) a bactéria Aeromonas hydrophila com base em irmãos completos submetidos a um desafio de resistência. A análise de expressão diferencial entre fenótipos suscetíveis e resistentes será relacionada com uma análise de desequilíbrio alélico para identificar SNPs potencialmente funcionais relacionados às respostas do hospedeiro. 45 SNPs mapeados e em desequilíbrio alélico foram incluídos em um painel de SNPs de média densidade para uso na seleção genômica de populações de pacu resistentes à infecção por Aeromonas hydrophila. A maioria dos SNPs incluídos estão associados a vias responsáveis pelas defesas imunes contra Aeromonas hydrophila, e contribuirão para uma seleção genômica funcionalmente enriquecida para o controle desta infecção. Um painel de SNPs de baixa densidade foi construído e será otimizado por imputação de genótipos. Estudos de associação genômica ampla (GWAS) utilizando SNPs imputados serão realizados relacionando as regiões genômicas encontradas na análise de desequilíbrio alélico enriquecendo a avaliação da arquitetura genética da resistência de Aeromonas hydrophila em pacu. O painel de SNPs de média densidade será usado para detectar assinaturas de seleção por corridas de homozigose, usando os indivíduos desafiados. As vias e regiões genômicas que serão destacadas por este estudo são potenciais candidatas para estudos funcionais e aplicações na produção de pacu e servirão de modelo para outras espécies. (AU)

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Publicações científicas (4)
(As publicações científicas contidas nesta página são originárias da Web of Science ou da SciELO, cujos autores mencionaram números dos processos FAPESP concedidos a Pesquisadores Responsáveis e Beneficiários, sejam ou não autores das publicações. Sua coleta é automática e realizada diretamente naquelas bases bibliométricas)
MANSO, SHISLEY C. S.; GARCIA, BALTASAR F.; MASTROCHIRICO-FILHO, VITO A.; PORTO-FORESTI, FABIO; YANEZ, JOSE M.; HASHIMOTO, DIOGO T.. . Aquaculture, v. 582, p. 7-pg., . (21/02592-9, 21/14869-5, 20/11049-4, 22/11129-3, 18/08416-5, 22/09226-0)
MASCALI, FLORENCIA CARLA; MASTROCHIRICO-FILHO, VITO ANTONIO; POSNER, VICTORIA MARIA; RUBIOLO, JUAN ANDRES; HASHIMOTO, DIOGO TERUO; VILLANOVA, GABRIELA VANINA. . AQUACULTURE INTERNATIONAL, v. 32, n. 7, p. 23-pg., . (18/08416-5, 16/21011-9, 22/09226-0, 20/11049-4)
DE SOUZA PEREIRA, CAROLINA; MASTROCHIRICO-FILHO, VITO ANTONIO; PEREIRA, ELCIMARA CARDOSO; BUTZGE, ARNO JULIANO; DE SOUZA BORGES, CAROLINA HELOISA; CACERES, PABLO; PORTO-FORESTI, FABIO; YANEZ, JOSE MANUEL; GALLANI, SILVIA UMEDA; HASHIMOTO, DIOGO TERUO. . MOLECULAR BIOLOGY REPORTS, v. 52, n. 1, p. 16-pg., . (22/09226-0, 20/11049-4, 20/07959-5)
MASTROCHIRICO-FILHO, VITO ANTONIO; GARCIA, BALTASAR FERNANDES; MANSO, SHISLEY CRISTINA DA SILVA; FREITAS, MILENA VIEIRA; PORTO-FORESTI, FABIO; CACERES, PABLO; YANEZ, JOSE MANUEL; HASHIMOTO, DIOGO TERUO. . AQUACULTURE REPORTS, v. 36, p. 12-pg., . (22/09226-0, 20/11049-4)