A modalidade Pró-Ciências teve como objetivo principal a melhoria do ensino médio nas disciplinas de Matemática, Física, Química e Biologia, para aperfeiçoamento de professores em serviço, em interação com a universidade e instituições de pesquisa. Os projetos foram desenvolvidos sob a responsabilidade de um Pesquisador Principal, vinculado a instituições superiores de ensino e pesquisa no Estado de São Paulo. A seleção foi feita por meio de análise pelos pares.