Seleção e validação de genes de referência por RT-qPCR sob indução fotoperiódica de floração em cana-de-açúcar (Saccharum spp.).

• Processo: 21/01091-6
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2021
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2021
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
• Pesquisador responsável: Luciana Rossini Pinto Machado da Silva
• Beneficiário: Luciana Rossini Pinto Machado da Silva
• Instituição Sede: Instituto Agronômico (IAC). Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA). Secretaria de Agricultura e Abastecimento (São Paulo - Estado). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Floração Fotoperíodo Cana-de-açúcar
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: cana-de-açúca | Florescimento | fotoperíodo | Genes de Referência | Cana-de-Açúcar

Resumo

Embora genes de referência tenham sido usados anteriormente na análise de expressão de genes envolvidos no florescimento da cana-de-açúcar, não foram validados experimentalmente quanto à estabilidade e consistência de expressão entre diferentes amostras em uma ampla gama de condições experimentais. Aqui relatamos a análise de genes de referência candidatos em diferentes tipos de tecidos, em diferentes pontos temporais, em tratamentos fotoperiódicos de dias curtos e longos. A estabilidade dos genes de referência candidatos em todas as condições foi avaliada com algoritmos NormFinder, BestKeeper e RefFinder que se complementam para uma análise mais robusta. Como o algoritmo Normfinder é mais apropriado para nossas condições experimentais, maior ênfase foi colocada no Normfinder ao escolher os genes mais estáveis. UBQ1 e TUB mostraram ser os genes de referência mais estáveis para usar na normalização dos dados de expressão do gene RT-qPCR durante a indução floral, enquanto 25SrRNA1 e GAPDH foram os menos estáveis. Seu uso como um par de genes de referência foi validado pela análise da expressão de dois genes-alvo expressos diferencialmente (PIL5 e LHP1). A combinação de genes de referência UBQ1 /TUB foi capaz de revelar pequenas diferenças significativas na expressão gênica dos dois genes alvo que não foram detectáveis ao usar a combinação de genes de referência menos estável. Esses resultados podem ser usados para informar a escolha de genes de referência a serem utilizados no estudo da via de indução floral da cana-de-açúcar. Nosso trabalho também demonstra que tanto PIL5 quanto LHP1 são induzidos nos estágios iniciais da indução fotoperiódica do florescimento na cana-de-açúcar. (AU)