Transcritoma comparativo de Halobacterium salinarum e Haloferax volcanii revela sítos de processamento conservados

• Processo: 21/05431-6
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2021
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2021
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Tie Koide
• Beneficiário: Tie Koide
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Halobacterium salinarum
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: conservação sítios de processamento | dRNAseq | Halobacterium salinarum | processamento RNA | Regulação pós-transcricional | transcritoma comparativo | bioinformática, biologia molecular de extremófilos

Resumo

O processamento pós-transcricional de um RNA mensageiro é uma estratégia regulatória importante que permite respostas rápidas a mudanças em condições ambientais. Na biologia sistêmica de halófilos, a perspectiva da proteína deste problema (ie, as ribonucleases que realizam as clivagens) tem sido mais estudada do que a perspectiva do RNA (ie, sítios de processamento). Neste estudo in silico, nós mapeamos sítios de processamento de transcritos no genoma de dois organismos modelos halofílicos, Halobacterium salinarum NRC-1 e Haloferax volcanii DS2 através de re-análise de dados de dRNAseq disponíveis, buscando por enriquecimento de sítios monofosforilados. Identificamos 2093 sítios de processamento em 43% dos genes em H. salinarum e 3515 sítios em 49% dos genes de H. volcanii. Dos 244 sítios conservados, a maioria estava localizada próximo de códons de início e fim de genes ortólogos. Genes específicos são discutidos para processamento em RNAs antisense, associados a ribossomos e sequencias de inserção. Exemplos incluem o gene de divisão celular ftsZ2 e biogênese de transcritos sobrepostos a IS200/605. O mapa de sítios de processamento apresentado também está disponível em uma interface navegável. (AU)