EMU científico: aquisição de plataforma para análise proteômica de células únicas

• Processo: 22/11476-5
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Infraestrutura - Científico
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2023
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2030
• Área do conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina
• Pesquisador responsável: Adriana Franco Paes Leme
• Beneficiário: Adriana Franco Paes Leme
• Instituição Sede: Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais (CNPEM). Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (Brasil). Campinas , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Daniela Campos Granato ; Luiz Paulo Kowalski ; Tiago da Silva Medina
• Bolsa(s) vinculada(s): 25/04523-5 - Integração de dados multi-ômicos e desenvolvimento de métodos computacionais para redução de dimensionalidade e inferência biológica na análise proteômica de células únicas., BP.TT; 23/16779-9 - Análise de dados de proteômica de células únicas., BP.TT; 23/16780-7 - Dissociação e caracterização das células de diferentes microambientes e isolamento de células únicas., BP.TT; 23/16823-8 - Análise proteômica de células únicas por cromatografia líquida acoplada a espectrometria de massas, BP.TT
• Assunto(s): Oncologia Microambiente tumoral Proteômica Análise de célula única Resposta imune Resposta ao tratamento Aquisição de equipamentos Equipamentos multiusuários Infraestrutura de pesquisa
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Células Únicas | microambiente tumoral | multiusuário | proteômica | resposta a tratamento | resposta imune | Oncologia

Resumo

O estudo de células únicas é essencial para investigar os mecanismos moleculares que sustentam a heterogeneidade populacional, e consequentemente, o desenvolvimento de doenças, permitindo obter respostas precisas da biologia celular e dos processos biológicos associados a tipos celulares específicos. Estudos de genômica e transcriptômica de células únicas tem revelado a composição de microambientes teciduais, estágios da doença, atividade imune, metabolismo, prognóstico, risco de desenvolvimento de doença, resposta a terapia, entre outros. Entretanto, esse conhecimento em nível de ácidos nucleicos fornece uma visão incompleta do estado celular, motivando-se o estudo em nível de proteínas, sendo consideradas as principais protagonistas da ciência da vida. Os estudos proteômicos de células únicas vem expandir, sem precedentes, o conhecimento da biologia, sendo capaz de revelar mecanismos de sinalização baseados na modificação pós-traducional, interação, atividade, degradação e localização das proteínas de cada célula. A proteômica baseada em espectrometria de massas tem sido usada para análise de proteomas complexos, dentre outras aplicações, e somente mais recentemente, esse método foi aplicado para quantificar proteínas em células únicas. Considerando que ainda não há uma técnica para amplificação de proteoma completo disponível, é necessário um fluxo de trabalho específico para permitir avançar nessa fronteira do conhecimento. Para isso, vislumbra-se o desenvolvimento de uma plataforma de análise automatizada, combinando-se (1) um equipamento para fracionamento de células únicas e preparação de amostras para proteômica, com ou sem marcação com tags isóbaros, CellenOne 1X, com (2) espectrômetro de massas de alta sensibilidade e capacidade quantitativa, Orbitrap Eclipse acoplado ao sistema de cromatografia líquida multifuncional Vanquish Neo. Essa plataforma será instalada no Laboratório de Espectrometria de Massas (MAS), no Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais (CNPEM), que apresenta uma infraestrutura singular e consolidada para atendimento de usuários. A instalação MAS, desde 2010, executou 527 propostas de pesquisa de usuários externos ao CNPEM, sendo 457 projetos financiados pela FAPESP. A instalação MAS já organizou dez eventos de proteômica para treinamento e disseminação do conhecimento na área de proteômica. A plataforma de proteômica de células únicas será liderada por projetos associados do CNPEM, AC Camargo Cancer Center e Faculdade de Medicina da USP que buscam entender os mecanismos moleculares de iniciação de câncer e de resposta imune em pacientes com câncer gástrico e de cabeça e pescoço, abrindo perspectivas para novas terapias ou tratamentos para os diferentes tipos de câncer. Aproximadamente 70 projetos complementares com financiamento da FAPESP ou de outras agências de fomento poderão se beneficiar dessa plataforma, que também será aberta para outros projetos de usuários internos e externos ao CNPEM por meio de submissão de propostas pela SAUonline.A plataforma de análise proteômica de células únicas, singular no Brasil e uma das pioneiras no mundo, poderá contribuir para essa área em desenvolvimento e permitirá aprofundar no estado da arte da biologia, revelando o conhecimento sobre a heterogeneidade de microambientes, resistência de resposta a tratamentos, mecanismos de resposta imune e imunoterapia, acelerando a descoberta de medicamentos e novas terapias. Finalmente, essa plataforma permitirá aumentar a competitividade científica internacional e acelerar a tradução do conhecimento para a prática clínica. (AU)