| Processo: | 23/16779-9 |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico |
| Data de Início da vigência: | 01 de março de 2024 |
| Data de Término da vigência: | 28 de fevereiro de 2026 |
| Área de conhecimento: | Ciências da Saúde - Medicina |
| Pesquisador responsável: | Adriana Franco Paes Leme |
| Beneficiário: | Fábio Malta de Sá Patroni |
| Instituição Sede: | Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais (CNPEM). Campinas , SP, Brasil |
| Vinculado ao auxílio: | 22/11476-5 - EMU científico: aquisição de plataforma para análise proteômica de células únicas, AP.INFRA7.CI |
| Assunto(s): | Análise de dados Proteômica |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | Análise de Dados | Células Únicas | proteômica | Proteômica |
Resumo A análise proteômica de células únicas tem como objetivo identificar e quantificar o proteoma de células individuais isoladas de uma amostra complexa. Para isso, a análise de dados deve ser capaz de superar os desafios decorrentes, por exemplo, de peptídeos com baixa abundância (por baixa representatividade na célula única), resultando em poucos íons fragmentos e dificultando assim a sua identificação. Diferentes ferramentas e algoritmos tem surgido para a análise de dados de SCP, incluindo informações adicionais como o uso do tempo de retenção, anteriormente disponível pela função "match between runs" do programa MaxQuant (Cox and Mann, 2008), e recentemente pelo DART-ID (Data-driven Alignment of Retention Times for IDentification) (Chen et al., 2019) do SCoPE2, o qual implementa frameworks de princípios Bayesianas para o alinhamento global do tempo de retenção e para incorporar essas estimativas de RT para aumentar a confiança em assinalar as sequências de peptídeos aos espectros rigorosamente estimando a taxa de falsos positivos. Assim, o objetivo deste plano de pesquisa é utilizar e/ou adaptar diferentes ferramentas e estratégias de análise de dados de SCP, permitindo caracterizar e compreender a variação biológica associada às múltiplas populações celulares constituintes de uma amostra. | |
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