Análises bioinformáticas de RNAs codificantes e não codificantes em Brevipalpus yothersi e seu papel na interação com o vírus da Leprose dos citros C e na resposta a acaricidas

• Processo: 23/08989-3
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Data de Início da vigência: 01 de janeiro de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2029
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia - Fitossanidade
• Pesquisador responsável: Daniel Gonzalez Ibeas
• Beneficiário: Daniel Gonzalez Ibeas
• Instituição Sede: Instituto Biológico (IB). Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA). São Paulo , SP, Brasil
• Município da Instituição Sede: São Paulo
• Pesquisadores associados: Daniel Júnior de Andrade ; Eduardo Chumbinho de Andrade ; Elliot Watanabe Kitajima ; Eric Roberto Guimarães Rocha Aguiar ; Federico Damian Ariel ; Juliana de Freitas Astúa ; Pedro Luis Ramos González ; Ricardo Harakava ; Valdenice Moreira Novelli
• Bolsa(s) vinculada(s): 25/05914-8 - Bolsa de Doutorado Direto (DD) em Bioinformática aplicada à Transcriptômica e Genômica em ácaros (Fellowship DD), BP.DD; 25/04293-0 - Bolsa TT-IV em Laboratório Experimental e Transcriptômica de ácaros, BP.TT; 24/18182-2 - Análises bioinformáticas de RNAs codificantes e não codificantes em Brevipalpus yothersi e seu papel na interação com o vírus da leprose dos citros C e na resposta a acaricidas., BP.JP
• Assunto(s): Genômica Agrotóxicos Acaricidas Brevipalpus Leprose RNAs não codificadores Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformatics | Brevipalpus mites | Citrus leprosis | Genomics | non-coding RNAs | Pesticides | Fitossanidade

Resumo

Os ácaros Brevipalpus causam perdas econômicas em um grande número de plantas hortícolas e ornamentais através da transmissão de vírus. As culturas afetadas incluem frutas cítricas e café, ambas de relevância para o Brasil. Em particular, Brevipalpus yothersi é responsável pela transmissão da leprose dos citros, doença viral especialmente problemática no estado de São Paulo devido à importância da cultura da laranja. Muito esforço tem sido feito para entender a interação planta-vírus, mas os ácaros Brevipalpus permanecem menos estudados em nível genético. Nos dados do genoma e do transcriptoma, as sequências de codificação de proteínas têm sido geralmente o centro da pesquisa, mas normalmente representam uma porcentagem menor de todo o espaço do gene, enquanto vários estudos sugerem que a grande maioria de um genoma é feito de estruturas e regulações. elementos. Análises genômicas em quase todos os tipos de organismos estão destacando a relevância dessas áreas não codificadas para estudar a biologia das espécies e para abordar questões fundamentais ou problemas práticos na pesquisa acadêmica e aplicada. Uma vez que uma grande proporção dessas áreas não codificantes é transcrita, elas podem ser caracterizadas por abordagens transcriptômicas, incluindo longos RNAs não codificantes, pequenos RNAs e RNAs circulares. Negligenciar suas análises para se concentrar apenas em transcrições regulares de codificação de proteínas reduz as capacidades de descoberta e restringe o escopo dos estudos. Esta proposta traça a configuração de uma linha de pesquisa em genômica computacional de pragas agrícolas, focada na exploração de RNAs não codificantes por ferramentas ômicas. O projeto inclui o scaffolding do rascunho atual do genoma de Brevipalpus yothersi e análises de transcriptoma para anotação de áreas codificantes e não codificantes de seu genoma, bem como para responder a questões relevantes sobre a interação vírus-ácaro, resposta a pesticidas, silenciamento de genes vias em ácaros e conteúdo de viroma. Aproveitando as entregas da pesquisa, a proposta também contempla o desenvolvimento de agrotóxicos de nova geração baseados na tecnologia de interferência de RNA, como alternativa aos acaricidas químicos convencionais. (AU)