Modelos computacionais em fisica biologica molecular.

• Processo: 05/58474-1
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de janeiro de 2006
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2008
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Pesquisador responsável: Vitor Barbanti Pereira Leite
• Beneficiário: Vitor Barbanti Pereira Leite
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Dobramento de proteína Método de Monte Carlo
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Conformacao De Proteinas | Dinamica De Solventes | Enovelamento De Proteinas | Modelos De Rede | Simulacao De Monte Carlo

Resumo

Neste projeto um cluster de computadores será implementado e dedicado ao estudo de modelos computacionais em física biológica molecular. O grau de sofisticação e complexidade dos problemas nesta área tem demandado um poder computacional crescente. A ênfase dos nossos trabalhos tem sido nas áreas de reações de transferência de carga e enovelamento de proteínas. Os principais tópicos a serem abordados neste projeto serão: (1) Estudo de dinâmica de solventes em reações de transferência de elétrons aplicados a experimentos de uma única molécula; (2) Estudos de otimização e mutação no enovelamento de heteropolímeros na rede: o papel da hidrofobicidade e suas implicações na evolução de proteínas; (3) Visualização de funis de enovelamento e estudo conformacional de peptídeos através de análise multivariada; (4) Estudos do coeficiente de difusão no enovelamento de proteínas; (5) Agrupamento não-paramétrico de aminoácidos. Estes problemas requerem um alto poder computacional, pois investigam espaços conformacionais muito grandes e/ou dinâmicas em baixas temperaturas do tipo das associadas a vidros de spin. Mesmo os modelos mais simples no espaço contínuo, do tipo de modelos Ca, envolvem elevado tempo computacional, o que enfatiza a necessidade de um cluster de computadores para o desenvolvimento de nossas pesquisas. (AU)