Aprendizado de máquina em biologia molecular de sistemas

• Processo: 09/10382-2
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2010
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2012
• Área do conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Física - Física da Matéria Condensada
• Pesquisador responsável: Ney Lemke
• Beneficiário: Ney Lemke
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Município da Instituição Sede: Botucatu
• Assunto(s): Biologia computacional Biologia de sistemas Sistemas complexos Redes reguladoras de genes Genomas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Física aplicada à Medicina | Redes Biológicas | Sistemas Complexos | Física da Vida

Resumo

O desenvolvimento de técnicas de alta produção de dados está transformando a biologia em uma disciplina rica em dados. Neste projeto nós consideramos redes biológicas integradas que incluem interações gênicas envolvendo metabolismo regulação e interação proteína-proteína. Nós iremos desenvolver ferramentas de aprendizado de máquina que utilizarão informações topológicas integradas com dados de expressão, localização celular e organização dos genomas para extrair informações biológicas relevantes tais como alvos para drogas e genes morbidos em humanos ou ainda genes essenciais para bacterias. Nós também iremos investigar a estrutura de comunidades e procurar por motivos topológicos visando compreender a organização topológica de larga escala das células biológicas. (AU)

Publicações científicas

(7)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

COSTA, PEDRO RAFAEL; ACENCIO, MARCIO LUIS; LEMKE, NEY. Cooperative RNA Polymerase Molecules Behavior on a Stochastic Sequence-Dependent Model for Transcription Elongation. PLoS One, v. 8, n. 2, FEB 21 2013. (09/10382-2, 10/20684-3, 10/03338-4)

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LEMKE, N.; CAMPBELL, IAN A.. Stretched-exponential behavior and random walks on diluted hypercubic lattices. Physical Review E, v. 84, n. 4, 1, OCT 18 2011. (09/10382-2)

CARVALHO, DIEGO Z.; GERHARDT, GUENTHER J. L.; DELLAGUSTIN, GUILHERME; DE SANTA-HELENA, EMERSON L.; LEMKE, NEY; SEGAL, ALAN Z.; SCHOENWALD, SUZANA V.. Loss of sleep spindle frequency deceleration in Obstructive Sleep Apnea. CLINICAL NEUROPHYSIOLOGY, v. 125, n. 2, p. 306-312, FEB 2014. (09/10382-2)

BOVOLENTA, LUIZ A.; ACENCIO, MARCIO L.; LEMKE, NEY. HTRIdb: an open-access database for experimentally verified human transcriptional regulation interactions. BMC Genomics, v. 13, AUG 17 2012. (09/10382-2, 10/20684-3)

SCHOENWALD, SUZANA V.; CARVALHO, DIEGO Z.; DE SANTA-HELENA, EMERSON L.; LEMKE, NEY; GERHARDT, GUENTHER J. L.. Topography-specific spindle frequency changes in Obstructive Sleep Apnea. BMC NEUROSCIENCE, v. 13, JUL 31 2012. (09/10382-2)