Laboratório de sequenciamento no Programa Genoma Humano do Câncer

• Processo: 99/03668-3
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 1999
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2001
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Acordo de Cooperação: Instituto Ludwig
• Pesquisador responsável: Hamza Fahmi Ali El-Dorry
• Beneficiário: Hamza Fahmi Ali El-Dorry
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Expressão gênica Transcrição genética Trichoderma Leveduras Genoma Humano do Câncer
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Expressao Genica | Levedura | Mitocondria | Nucleossomos | Transcricao | Trichoderma Reesei

Resumo

O Projeto Genoma do Câncer Humano FAPESP/LIRC-HCGP foi responsável por gerar 1.188.862 de sequências gênicas obtidas a partir de células humanas de tecidos cancerígenos e normais. O sequenciamento foi feito a partir de pequenos fragmentos de cDNA gerados pela técnica ORESTES. O cDNA foi gerado pelo Instituto Ludwig, e cada Grupo de Sequenciamento foi responsável por construir bibliotecas e preparar as reações de sequenciamento utilizando o Kit ET Terminator (Amersham Pharmacia Biotech Inc.) para o Sequenciador Automático Mega Bace (Amersham Pharmacia Biotech Inc.). As sequências foram geradas por seis Centros de Sequenciamento, que possuem os sequenciadores automáticos, e a cada Centro de Sequenciamento foram associados quatro ou cinco grupos de sequenciamento. O Centro de Sequenciamento QV foi coordenado pelo Prof. Dr. Sergio Verjovski-Almeida e teve quatro Grupos de Sequenciamento associados. O Grupo QV4 teve como responsável o Prof. Dr. Hamza El-Dorry, e uma técnica bolsista pelo Instituto Ludwig, Daniella de Aguirre Stecconi Silva. O rendimento apresentado pelo grupo QV4 no decorrer do projeto foi de aproximadamente 70 sequências obtidas por placa, o que fornece uma taxa de 73% das sequências obtidas, aceitas. O número de sequências obtidas por mês foi crescente até o final do projeto, e as metas de número de sequências sugeridas foram sempre atingidas adiantadamente, devido a problemas de submissão (congestionamento e problemas com a página), os meses de setembro a novembro tiveram poucas submissões, que foram depositadas entre novembro e dezembro. Ao final do projeto obtivemos 40.297 sequências, conforme indicado como número de sequências a serem geradas por Grupo de Sequenciamento. (AU)