Laboratório de sequenciamento no Programa Genoma Humano do Câncer

• Processo: 99/03665-4
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 1999
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2001
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Acordo de Cooperação: Instituto Ludwig
• Pesquisador responsável: Enilza Maria Espreafico
• Beneficiário: Enilza Maria Espreafico
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 00/11527-0 - Projeto Genoma Humano do Câncer, BP.TT; 99/12113-5 - Projeto Genoma Humano do Câncer, BP.TT; 99/08241-8 - Projeto Genoma Humano do Câncer, BP.TT
• Assunto(s): Análise de sequência de DNA Laboratórios Genoma Humano do Câncer

Resumo

O Projeto Genoma Humano do Câncer, lançado oficialmente em março de 1999 com o apoio conjunto da FAPESP e do Instituto Ludwig de pesquisa sobre o câncer, teve como objetivo o sequenciamento de fragmentos de cDNA produzidos a partir de vários tipos de tecidos tumorais e normais. Os fragmentos de cDNA (ESTs) produzidos no projeto são denominados de ORESTES (Open Reading Frame ESTs) e foram gerados utilizando-se uma nova metodologia e, ao contrário das ESTs convencionais que tendem a representar sequencias das extremidades dos transcritos, cobrem preferencialmente a porção central dos genes (Dias-Neto et al., 1997 e 2000). A meta inicial era a produção de 500.000 sequencias pelos 30 laboratórios envolvidos no projeto, mas após os resultados do primeiro ano de produção esta meta foi ampliada para 1.000.000 de sequencias, sendo que cada laboratório de sequenciamento cuja produção fosse destinada a um sequenciador capilar do tipo MegaBace deveria produzir 40.000 sequencias. Como um dos laboratórios de sequenciamento, o nosso laboratório, RC1 participou ativamente da produção de sequencias, cumprindo todas as metas de produção dentro dos prazos previstos. Juntamente com as atividades de sequenciamento para o Projeto Genoma Humano do Câncer, o laboratório iniciou uma análise de expressão diferencial em linhagem de melanoma humano utilizando alguns dos clones produzidos no projeto. Além disso, os laboratórios RC1 e RC3 volveram conjuntamente um projeto piloto de sequenciamento de ESTs de Drosophila utilizando a metodologia ORESTES. (AU)