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Human transcript validation initiative

Resumo

O Projeto Transcript Finishing Initiative (TFI) é uma extensão do projeto Genoma Humano do Câncer (HCGP) e tem como principal objetivo à validação de 4.000 genes humanos, predição de exons e de formas alternativas de “splicing”, que geram transcritos de diferentes tamanhos (Camargo et al., 2001), num período de 2 anos. A predição dos genes depende fundamentalmente das sequências cromossômicas do Projeto Genoma Humano, usadas como “scaffold” para o mapeamento de ESTs convencionais e ORESTES, obtidos no HCGP, por análise computacional. A partir deste mapeamento, de predição computacional que utiliza uma interface gráfica especialmente construída para esta finalidade, e de padrões de organização genômica, são desenhados os “primers” para validação de genes. Através de RT-PCR, estes fragmentos, que irão validar e complementar a estrutura de genes humanos parcialmente representados por ESTs, são gerados. Ao contrário dos projetos de produção de sequências de cDNA completas, o TFI gera subsequências de fragmentos parciais, não necessitando de preparações de bibliotecas de cDNA completo. O desenvolvimento do projeto está sendo feito por 31 laboratórios validadores, sendo 2 destes responsáveis pela coordenação, seleção e distribuição de genes de acordo com a orientação do laboratório de bioinformática, requisição de “primers” e distribuição de mRNA de alta qualidade e síntese da primeira fita dos cDNAs. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio: