Human transcript validation initiative

• Processo: 00/12509-5
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Vigência: 01 de dezembro de 2000 - 30 de abril de 2003
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica
• Pesquisador responsável: Marcelo Ribeiro da Silva Briones
• Beneficiário: Marcelo Ribeiro da Silva Briones
• Instituição-sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Neoplasias Genomas Genoma Humano do Câncer

Resumo

O Projeto Transcript Finishing Initiative (TFI) é uma extensão do projeto Genoma Humano do Câncer (HCGP) e tem como principal objetivo à validação de 4.000 genes humanos, predição de exons e de formas alternativas de “splicing”, que geram transcritos de diferentes tamanhos (Camargo et al., 2001), num período de 2 anos. A predição dos genes depende fundamentalmente das sequências cromossômicas do Projeto Genoma Humano, usadas como “scaffold” para o mapeamento de ESTs convencionais e ORESTES, obtidos no HCGP, por análise computacional. A partir deste mapeamento, de predição computacional que utiliza uma interface gráfica especialmente construída para esta finalidade, e de padrões de organização genômica, são desenhados os “primers” para validação de genes. Através de RT-PCR, estes fragmentos, que irão validar e complementar a estrutura de genes humanos parcialmente representados por ESTs, são gerados. Ao contrário dos projetos de produção de sequências de cDNA completas, o TFI gera subsequências de fragmentos parciais, não necessitando de preparações de bibliotecas de cDNA completo. O desenvolvimento do projeto está sendo feito por 31 laboratórios validadores, sendo 2 destes responsáveis pela coordenação, seleção e distribuição de genes de acordo com a orientação do laboratório de bioinformática, requisição de “primers” e distribuição de mRNA de alta qualidade e síntese da primeira fita dos cDNAs. (AU)