Programa genoma xanthomonas anoxonopodis pv citri. - laboratório de sequenciamento

• Processo: 99/07917-8
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 1999
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2005
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Ana Claudia Rasera da Silva
• Beneficiário: Ana Claudia Rasera da Silva
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Auxílio(s) vinculado(s): 02/03184-0 - Patente provisional nos EUA do genoma da Xanthomonas axonopodis pv citri e Xanthomonas campestris pv campestris, AP.PAPI
• Bolsa(s) vinculada(s): 99/08038-8 - Determinação completa da sequência genômica de Xanthomonas axonopodis pv. citri, o agente causador do cancro cítrico, BP.TT; 99/08039-4 - Determinação completa da seqüência genômica de Xanthomonas axonopodis pv. citri, o agente causador do cancro cítrico, BP.TT
• Assunto(s): Genomas Cancro (doença de planta) Análise de sequência de DNA Xanthomonas Genoma Xanthomonas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cancro Citrico | Genoma | Sequenciamento | Xanthomonas

Resumo

O Laboratório QR em conjunto com o Laboratório JJ coordenam o Projeto Genoma Xanthomonas citri. Além do sequenciamento geramos bibliotecas de “shotgun” do genoma total para distribuição entre os laboratórios de sequenciamento ligados ao projeto, validamos a montagem virtual do genoma com o mapa físico do cromossomo de Xanthomonas construído a partir dos fragmentos de restrição gerados por enzimas para sítios raros e através do nosso centro de bioinformática coletamos as sequências geradas pelos grupos do projeto e procedemos à montagem do genoma. Também foi papel da bioinformática gerar o scaffold do genoma onde foram ancoradas as sequências das pontas dos cosmídeos. Este procedimento determinou quais cosmídeos devem ser sequenciados para resolver as dúvidas da montagem e fechar o genoma. (AU)