Projeto Genoma-FAPESP: laboratório de sequenciamento

• Processo: 97/13472-3
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 1997
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2000
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Maria Aparecida Nagai
• Beneficiário: Maria Aparecida Nagai
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FM). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 98/11516-6 - Projeto Genoma-FAPESP, BP.TT; 97/14395-2 - Projeto Genoma FAPESP: laboratório de sequenciamento, BP.TT
• Assunto(s): Clorose variegada dos citros Análise de sequência de DNA Xylella fastidiosa Genomas Genoma Xylella fastidiosa
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biologia Molecular | Clorose Variegada Dos Citros | Genoma | Sequenciamento De Dna | Xylella Fastidiosa

Resumo

O grupo MR sequenciou e fez a anotação de dois cosmídeos, 7A12 (28.312 bases) e 5B8 (42.233 bases), correspondendo a pares de bases. Além disso, sequenciamos 36.132 "shotgun reads". Os DNAs dos cosmídeos foram fragmentados por nebulização. Os fragmentos obtidos foram separados em gel de agarose LMP, purificados e submetidos à reação de fosforilação e ligação dos fragmentos ao vetor pUC18 utilizando-se o SureClone kit (Amershan Pharmacia). Uma alíquota da reação de ligação foi utilizada para transformação de bactérias XL2-Blue (Stratagene), as quais foram inoculadas em placas com meio seletivo LB-agar com X-gal. Os clones resultantes foram crescidos em meio líquido e o DNA plasmidial isolado utilizando-se o kit Flexi-prep (Amershan Pharmacia). O sequenciamento foi realizado com o auxílio de um sequenciador semi-automático ABI 377 (Perkin Elmer) utilizando-se o kit BigDye (Perkin Elmer). A montagem dos cosmídeos e a escolha de oligonucleotídeos para atingir a qualidade máxima das bases sequenciadas ("finishing") foram realizadas com o auxílio dos programas de computador Sequencher e Consed. (AU)