Análise computacional de exame genético de pedigree: aplicação na manutenção da diversidade genética de equinos

• Processo: 10/50258-6
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Pesquisa Inovativa em Pequenas Empresas - PIPE
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2011
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2013
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Medicina Veterinária - Reprodução Animal
• Pesquisador responsável: Cynthia Rachid Bydlowski
• Beneficiário: Cynthia Rachid Bydlowski
• Empresa: Linkgen Biotecnologia Veterinária Ltda
• Assunto(s): Diversidade genética Equinos Repetições de microssatélites Banco de dados Redes bayesianas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Banco De Dados | Diversidade Genetica | Equinos | Microssatelites | Redes Bayesiana | Vinculo Genetico

Resumo

A verificação de parentesco é fundamental também em programas de seleção e melhoramento genético. Sem um controle adequado de ascendência do animal, erros são introduzidos na linhagem, desvirtuando os resultados e fazendo com que os programas de melhoramento genético falhem. Apesar da reconhecida relevância do estudo de marcadores microssatélites, a análise genética forense em cavalos é limitada a um conjunto de 17 marcadores microssatélites dinucleotídeos. Há uma crescente necessidade, nacional e internacional, de desenvolvimento de ensaios acurados, porém rápidos, para tipagem de dores excepcionalmente informativos. Por outro lado, e não menos importante, constituindo de fato o escopo deste projeto, as características genotípicas das raças de equinos no Brasil, com referência aos microssatélites, como taxas de mutação, índice de heterozigosidade, frequências alélicas, capacidade de informação, etc, não são conhecidas, o que impede a elaboração de testes estatísticos adequados para a determinação de vínculo genético, e mesmo para a possibilidade de haver aconselhamento em relação aos cruzamentos necessários para manter a diversidade genética das diferentes raças. Devido à equinocultura ser um setor em ascensão, há o interesse por animais com um maior padrão de qualidade e uma maior confiabilidade de registros. Decorre daí a necessidade de desenvolver novas estratégias inovadoras visando: 1. o estabelecimento de novos marcadores genéticos específicos para equinos que superem as limitações técnicas associadas aos existentes; 2. construção de um banco de dados que contenham informações sobre várias características genéticas em diferentes raças de equinos no Brasil, conhecendo sua diversidade genética (frequências alélicas, taxa de mutação, capacidade de informação, etc.), dados hoje inexistentes, e 3. definir, desenvolver e implementar de metodologia de cálculo estatístico computacional em equinos, para análise de vínculo genético. Com isto, se poderá calcular o número mínimo de marcadores mais informativos para a realização do exame, o que hoje é desconhecido, ao menos no Brasil, e se permitirá o aconselhamento em relação ao cruzamento de animais, de modo a diminuir a endogenia e manter a variabilidade genética. Determinação da genotipagem de grande número de equinos de várias raças, empregando marcadores já testados e não testados, di, tetra e pentanucleotídeos, utilizando um analisador genético automatizado de alta resolução. Desta maneira, será construído um banco de dados genéticos de microssatélites de diferentes raças equinas no Brasil. Assim, poder-se-á desenvolver um sistema computacional para o exame de pedigree, adaptando e estendendo a metodologia de Redes Bayesianas. Espera-se, então, conhecer a diversidade genética dos microssatélites escolhidos nas várias raças de equinos no Brasil, de modo a se poder estimar a probabilidade de vínculo genético sem se basear na hipótese de equilíbrio genético populacional, incorporando a possibilidade de mutações. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

ATOMIYAMA, A.; LAURETTO, M. S.; NAKANO, F.; STERN, J. M.; LEVY, D.; BYDLOWSKI, S. P.; BYDLOWSKI, C. R.. Computer analysis of genetic parentage: application in equine diversity maintenance in Brazil.. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 94, p. 1-pg., 2016-09-01. (10/50258-6)