Estudos das quasispecies do HIV com o uso de sequenciamento paralelo maciço

• Processo: 11/12156-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2012
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2014
• Área do conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina
• Pesquisador responsável: Ricardo Sobhie Diaz
• Beneficiário: Ricardo Sobhie Diaz
• Instituição Sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Infectologia Retroviridae HIV-1 Farmacorresistência viral Antirretrovirais Linfócitos T CD4-positivos Carga viral Análise de sequência de DNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Aids | Bottleneck genético | Hiv | Quasispécies | Resistência transmitida | Sequenciamento paralelo maciço | Infectolologia

Resumo

A baixa diversidade genética do HIV-1 em pacientes com diagnóstico de infecção viral recente é consequência de restrição genética (bottleneck) durante a transmissão do vírus. Entretanto, alguns estudos demonstraram, por sequenciamento convencional, que a ocorrência desse fenômeno é menos frequente em pacientes do gênero feminino, sugerindo maior susceptibilidade de mulheres à infecção inicial por múltiplas variantes virais. Hipoteticamente, mulheres portadoras do HIV-1 poderiam apresentar um maior risco de infecção por variantes do vírus resistentes aos medicamentos antirretrovirais. A presença de resistência transmitida aos antirretrovirais apresenta reflexos importantes no sucesso da terapia antirretroviral e, consequentemente, na progressão para a aids. Entretanto, as técnicas convencionais de sequenciamento são incapazes de detectar essas variantes resistentes do HIV-1 que tenham frequência inferior a 20% na quasispecie viral. O presente estudo visa conferir a hipótese de ausência de bottleneck genético em mulheres durante a transmissão do HIV-1 utilizando sequenciamento paralelo maciço. E ainda, estimar a prevalência de resistência transmitida aos antirretrovirais em pacientes recém-infectados pelo HIV-1, utilizando-se dessa técnica mais sensível de sequenciamento. Serão avaliados 20 pacientes do gênero feminino e 20 pacientes do gênero masculino virgens de tratamento antirretroviral e diagnosticados com infecção recente pelo HIV-1, pareados para idade, contagem de linfócitos T CD4+ e carga viral do HIV-1. Amostras de sangue estocadas serão submetidas à extração do RNA viral e DNA proviral e as regiões codificadoras de env e pol amplificadas por nested-PCR. Em seguida, os produtos de PCR serão submetidos ao sequenciamento paralelo maciço e as sequências geradas analisadas filogeneticamente. (AU)

Publicações científicas

(4)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DE CARVALHO LIMA, ELIDAMAR NUNES; CASTILHO PIQUEIRA, JOSE ROBERTO; CAMARGO, MICHELLE; GALINSKAS, JULIANA; SUCUPIRA, MARIA CECILIA; DIAZ, RICARDO SOBHIE. Impact of antiretroviral resistance and virological failure on HIV-1 informational entropy. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, v. 73, n. 4, p. 1054-1059, APR 2018. (11/12156-0)

LEDA, ANA RACHEL; HUNTER, JAMES; OLIVEIRA, URSULA CASTRO; AZEVEDO, INACIO JUNQUEIRA; ARARIPE SUCUPIRA, MARIA CECILIA; DIAZ, RICARDO SOBHIE. Insights about minority HIV-1 strains in transmitted drug resistance mutation dynamics and disease progression. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, v. 73, n. 7, p. 1930-1934, JUL 2018. (11/50238-8, 11/12156-0)

LEDA, ANA RACHEL; HUNTER, JAMES; DE OLIVEIRA, URSULA CASTRO; DE AZEVEDO, INACIO JUNQUEIRA; KALLAS, ESPER G.; ARARIPE SUCUPIRA, MARIA CECILIA; DIAZ, RICARDO SOBHIE. HIV-1 genetic diversity and divergence and its correlation with disease progression among antiretroviral naive recently infected individuals. VIROLOGY, v. 541, p. 13-24, FEB 2020. (11/50238-8, 11/12156-0)

DE CARVALHO LIMA, ELIDAMAR NUNES; ANDRADE LIMA, RODRIGO SUCUPIRA; CASTILHO PIQUEIRA, JOSE ROBERTO; CECILIA SUCUPIRA, MARIA; CAMARGO, MICHELLE; GALINSKAS, JULIANA; DIAZ, RICARDO SOBHIE. Evidence of genomic information and structural restrictions of HIV-1 PR and RT gene regions from individuals experiencing antiretroviral virologic failure. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 78, MAR 2020. (11/12156-0)