| Processo: | 13/15070-4 |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Regular |
| Data de Início da vigência: | 01 de outubro de 2013 |
| Data de Término da vigência: | 30 de setembro de 2015 |
| Área do conhecimento: | Ciências Biológicas - Biologia Geral |
| Pesquisador responsável: | Claudia Marcia Aparecida Carareto |
| Beneficiário: | Claudia Marcia Aparecida Carareto |
| Instituição Sede: | Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil |
| Município da Instituição Sede: | São José do Rio Preto |
| Assunto(s): | Elementos de DNA transponíveis Coffea Broca-do-café Expressão gênica Análise de sequência de DNA Transcriptoma Marcador molecular |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | Broca-do-café | Coffea | marcadores moleculares | mobiloma | Transcriptoma | Biologia Evolutiva |
Resumo
Elementos de transposição (TEs) são fragmentos de DNA cuja principal característica é de se moverem e se inserirem em praticamente qualquer local do genoma e por essa característica constituem ferramentas moleculares valiosas. Como os TEs estão distribuídos por todo o genoma e em várias cópias, constituem meios poderosos para a análise da diversidade genética, tanto no âmbito intrapopulacional e até mesmo dentro de variedades ou clones. O uso de ferramentas moleculares está se tornando disponível para o gênero Coffea com o desenvolvimento de grandes bases de dados moleculares, com sequenciamento genômico e transcriptômico aos quais temos acesso por meio de nossas colaborações internacionais. Contudo, o uso de ferramentas moleculares para o estudo da broca-do-café não no mesmo nível que sua espécie hospedeira. Dada a importância da broca-do-café, o Centro Nacional de Pesquisa do Café (CENICAFÉ) na Colômbia sequenciou o genoma desse coleóptero e obteve bancos de expressão gênica mediante sequenciamento Sanger, FLX-454 e RNA-Seq. Com o objetivo de desenvolver e aprofundar o conhecimento dessa espécie estabelecemos uma colaboração com pesquisadores do CENICAFE para a anotação dos TEs do genoma desse coleóptero. Neste estudo, os elementos de transposição do genoma e do transcriptoma de espécies do gênero Coffea e da broca-do-café, sua praga mais importante, serão anotados, classificados e caracterizados quanto a sua abundância, frequência, distribuição, variabilidade estrutural e sequências gênicas deles derivadas. A identificação dos padrões de inserção de TEs ativos propiciará a identificação de elementos que possam ser usados como marcadores genéticos para rastreabilidade e definição de genótipos de interesse para serem incluídos em programas de melhoramento (café) ou de controle populacional (broca), bem como de marcadores de resposta ao estresse ambiental. Adicionalmente, o uso de retrotransposons como marcadores moleculares pode permitir a identificação clara dos genitores do híbrido tetraploide C. arabica em termos de espécies parentais e grupos de diversidade permitindo melhores estratégias para o acompanhamento do patrimônio genético de descendentes de cruzamentos entre plantas (rastreabilidade) e para a conservação e manejo de recursos genéticos do café, que são de grande importância por causa das mudanças climáticas e rápida destruição das florestas primárias. (AU)
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