Integrative analysis of the transcriptome profiles observed in type 1, type 2 and gestational diabetes mellitus reveals the role of inflammation

• Processo: 14/05822-1
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2014
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2014
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Eduardo Antônio Donadi
• Beneficiário: Eduardo Antônio Donadi
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Imunogenética Diabetes gestacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Gestational Diabetes | Immune cell signatures | Module map | Transcriptome analysis | Type 1 diabetes | Type 2 Diabetes | Imunogenética

Resumo

Para determinar a influência de características demográficas, clínicas, laboratoriais, patogênicas e de tratamento nos perfis transcricionais do diabetes mellitus, nós realizamos uma análise integrando essas características com os perfiz de expressão gênica e genes anotados presentes em bancos de dados que continham informações relacionadas com estudos de associação genômica, e assinaturas de expressão de células do sistema imune. As amostras utilizadas de pacientes foram 56 no total (19 do tipo 1, 20 do tipo 2 e 17 de diabetes gestacional) e foram hibridizadas com microarranjos da Agilent (4x44K). Genes não-informativos foram filtrados por análise de partição, e genes diferencialmente expressos foram obtidos por análise estatística de rank products. Análises funcionais foram realizadas utilizando-se o banco de dados DAVID, e os "module maps"foram construídos usando a ferramenta Genomica. As análises realizadas foram capazes de discriminar uma assinatura de pacientes com diabetes tipo 1 e gestacional baseado em genes envolvidos na inflamação. Os "module maps"de genes diferencialmente expressos revelaram genes que: i) exibiram perfis transcricionais típicos de macrófagos e células dendríticas, ii) os genes haviam sido previamente associado a complicações do diabetes por estudos de associação genômica, iii) os perfis foram influenciados pela duração da doença, obesidade, número de gestações, níveis séricos de glicose, uso de medicamentos, tais como metformina. (AU)