Begin at the beginning: A BAC-end view of the passion fruit (Passiflora) genome

• Processo: 14/20754-2
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2014
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2015
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Maria Lúcia Carneiro Vieira
• Beneficiário: Maria Lúcia Carneiro Vieira
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Assunto(s): Genética molecular Genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: BAC-end sequencing | Fluorescent in situ hybridization | Gene content | Genomics | Passion fruit | Repetitive elements | Genética Molecular

Resumo

O maracujá (Passiflora edulis) é cultura tropical de importância econômica para a produção de suco concentrado e para o consumo in natura. O suco é usado em blends que são consumidos em todo o mundo. Entretanto, pouco se sabe sobre o genoma da espécie. Por isso, melhorar o nosso entendimento sobre a genômica do maracujá é essencial e um pré-requisito se este recurso genético for usado mais eficientemente. Neste trabalho nós construímos uma biblioteca genômica inserida em BACs, visando prover os primeiros insights sobre a estrutura e organização genômica da espécie, usando dados de BAC-end sequences (BES).A biblioteca consistiu de 82,944 clones com baixa contaminação de DNA organelar. A biblioteca representa 6 X o genoma haploide, e o tamanho médio dos insertos foi de 108 kb. Para checar a sua utilidade no isolamento de genes, ensaios de macroarranjos foram conduzidos com sondas complementares a 8 genes disponíveis em banco de dados públicos. BACs abrigando estes genes foram usados em hibridação in situ fluorescente e sinais únicos foram detectados para 4 BACs em 3 cromossomos (n=9). Daí nós exploramos 10.000 BES e identificamos reads com elementos móveis repetitivos (19,6%), SSRs e proteínas putativas e estimamos o seu conteúdo de GC (42%). Foram encontradas sequências com alta identidade a regiões codificadoras de proteínas (9,6% das BES). A maioria dos top-hits foram com Populus trichocarpa (21,6%), Ricinus communis (14,3%), Vitis vinifera (6,5%) e Prunus persica (3,8%).Nós geramos a primeira biblioteca de grandes insertos para um membro das passifloráceas. Esta biblioteca provê um novo recurso para estudos genéticos e genômicos, e uma valiosa ferramenta para o estudo de todo o genoma. Destaca-se um certo número de sequencias pareadas que puderam ser mapeadas a intervalos do genoma de Arabdopisis thaliana, V. vinifera e P. trichocarpa e assim regiões putativas colineares puderam ser identificadas. (AU)