| Processo: | 14/26983-3 |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Regular |
| Data de Início da vigência: | 01 de novembro de 2015 |
| Data de Término da vigência: | 31 de outubro de 2017 |
| Área do conhecimento: | Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica |
| Pesquisador responsável: | Sabri Saeed Mohammed Ahmed Al-Sanabani |
| Beneficiário: | Sabri Saeed Mohammed Ahmed Al-Sanabani |
| Instituição Sede: | Instituto de Medicina Tropical de São Paulo (IMT). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil |
| Município da Instituição Sede: | São Paulo |
| Pesquisadores associados: | Ester Cerdeira Sabino |
| Assunto(s): | Doenças transmissíveis Sequenciamento de nucleotídeos em larga escala Diversidade genética Doadores de sangue HIV-1 |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | Diversidade Genética | Doadores de sangue | genoma completo | Hiv-1 | Sequenciamento em larga escala | Doenças Infecciosas |
Resumo
O virus HIV é conhecido por apresentar uma enorme variação genética. Mesmo em um único indivíduo, a infecção pode ser causada por um grande número de variantes altamente relacionadas, mas geneticamente diferentes. Embora a maior parte das variações genéticas seja derivada de mutações introduzidas pelo erro propenso à transcriptase reversa, a recombinação viral contribui significativamente para a evolução genética. Na prática clínica, os genótipos e o tropismo são características virais comumente definidas a partir do RNA no plasma com representação da população viral através do método convencional de sequenciamento (Sanger), mas este ensaio não é capaz de detectar as variantes minoritárias. O sequenciamento em larga escala (SLE) detecta clones individuais, sendo assim muito mais sensível. Detectar mutações que conferem a resistência ao tratamento do HIV (MRTs) e encontrar o tipo de co-receptor utilizado pelo vírus em sequências provirais (sequências integradas ao DNA do hospedeiro) pode ser mais fácil e menos dispendioso do que no vírus de RNA encontrado no plasma, mas a sua relevância clínica ainda não está tão clara. Assim, os resultados de estudos comparativos entre o plasma e a população viral nas células mononucleares do sangue periférico (PBMC) são necessários, para assim selecionar a troca de amostra e obter resultados confiáveis. Em nosso último estudo, conseguimos gerar 270 genomas provirais de HIV-1 com comprimento quase completo (NFLG) utilizando o sequenciamento de larga escala. Neste projeto atual que tem como objetivo explorar ainda mais os nossos dados de sequenciamento (SLE) do HIV-1, a população viral plasmática (n=70) será comparada a população encontrada no PBMC em termos de diversidade genética, mutações de resistência e uso de co-receptor. Para este fim, o RNA viral será extraído e convertido em DNA de cadeia dupla. Consequentemente, o dsDNA será diretamente fragmentado, molecularmente marcado, reunido (pool) e sequenciado, utilizando o protocolo da Illumina (informações detalhadas dos resultados do projeto piloto estão inseridas no projeto).O resultado deste estudo será importante para assim melhorar o nosso entendimento sobre a evolução do HIV-1 dentro dos hospedeiros e resolver se as variantes virais no PBMC e plasma diferem drasticamente e quais são as implicações destas variantes em predizer os resultados do tratamento e uso de co-receptor. (AU)
| Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio: |
| Mais itensMenos itens |
| TITULO |
| Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias ( ): |
| Mais itensMenos itens |
| VEICULO: TITULO (DATA) |
| VEICULO: TITULO (DATA) |