Using pharmacogenomic databases for discovering patient-target genes and small molecule candidates to cancer therapy

• Processo: 16/19294-2
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2016
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2017
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Farmacologia - Farmacologia Bioquímica e Molecular
• Pesquisador responsável: José Ernesto Belizario
• Beneficiário: José Ernesto Belizario
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Neoplasias Farmacogenética Quimioterapia
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: câncer | cBioPortal | CellMiner | Farmacogenômica | quimioterapia | Quimioterapia

Resumo

Com as estratégias multi-ômicas que estão sendo aplicadas aos diversos projetos de genômica do câncer, os pesquisadores têm a oportunidade de desenvolver um planejamento racional para a terapia alvo dirigida do câncer. A investigação de tais numerosos e diversos conjuntos de dados farmacogenômicas é uma tarefa complexa. Ela exige conhecimento biológico e habilidades em um conjunto de ferramentas para prever com precisão a sinalização de rede e o impacto nos resultados clínicos. Neste artigo, descrevemos métodos in silico de fácil uso para explorar estudos integrativos sobre a biologia do câncer e farmacogenômica. Nós explicamos brevemente como enviar uma consulta a bases de dados do genoma do câncer e como prever quais genes são significativamente alterados em vários tipos de câncer usando cBioPortal. Além disso, descrevemos como identificar drogas clinicamente disponíveis e potenciais pequenas moléculas para o gene-alvo usando CellMiner. Também mostramos como gerar uma assinatura gênica e comparar os perfis de expressão genética para investigar a biologia complexa por trás da resposta à droga utilizando o Connectivity Map. Além disso, discutimos os desafios em curso, limitações e novos rumos para integrar a informação molecular, biológica e epidemiológica das plataformas oncogenômicas e assim criar projetos dirigidos por hipóteses. Finalmente, discutimos o uso de modelos de tumores de pacientes transplantados em camundongos (PDX) para caracterização das drogas em ensaios in vivo. Estas plataformas e abordagens são uma forma racional para prever as respostas as terapias alvo-dirigidas e para desenvolver pequenas moléculas clinicamente relevantes para o pacientes com câncer. (AU)