Analise da ocorrencia de elementos de transposicao em ests de tres especies de coffea geradas pelo projeto genoma cafe.

• Processo: 05/57212-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2006
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2008
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Claudia Marcia Aparecida Carareto
• Beneficiário: Fabrício Ramon Lopes
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Coffea arabica Coffea canephora Elementos de DNA transponíveis Etiquetas de sequências expressas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Coffea Arabica | Coffea Canephora | Coffea Racemosa | Elementos De Transposicao | Ests | Projeto Genoma Cafe

Resumo

O genoma dos eucariotos contém substancial quantidade de seqüências intrônicas e intergênicas que abriga grande quantidade de elementos de transposição (TEs). Existe uma grande concentração de trabalhos em Zea mays e Arabidopsis thaliana, entretanto, para Coffea arábica, que apresenta um genoma mais complexo, não há qualquer tipo de informação com relação a ocorrência de TEs. Neste projeto, serão realizados um screnning completo nas bibliotecas de Coffea geradas pelo projeto Genoma Café. Para identificar seqüências derivadas de TEs em regiões codificadoras, as ESTs serão comparadas por meio da ferramenta BLASTN com o banco de dadosjte elementos de transposição do RepeatMasker, selecionando a classe de elementos presente em plantas. O parâmetro utilizado durante a pesquisa do BLAST será e-value igual a e-10. Serão ainda desenvolvidas ferramentas de Bioinformática específicas que permitam explorar o banco de dados eficientemente. Além das análises de freqüências de TEs das diferentes classes, nas três espécies de Coffea seqüenciadas (Coffea arábica, Coffea canephora e Coffea racemosa), o principal objetivo será identificar seqüências de TEs dentro de éxons, bem como serão avaliar a preferência ou freqüência de inserções tecido-específicas ou associadas a condições experimentais específicas. Ainda, serão realizadas comparações de retenções preferenciais de partes de TEs em grupos de éxons com funções homólogas nas três espécies. (AU)