Identificação e perfis de expressão de RNAs codificadores e não codificadores de proteína como preditores de recorrência de câncer de próstata

• Processo: 06/58761-3
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Vigência (Início): 01 de fevereiro de 2007
• Vigência (Término): 31 de março de 2010
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Sergio Verjovski Almeida
• Beneficiário: Yuri José de Camargo Barros Moreira
• Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 02/13283-6 - Identificação de marcadores moleculares para diagnóstico e prognóstico em câncer utilizando microarrays de DNA, AP.TEM
• Assunto(s): Neoplasias da próstata RNAs não codificadores Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos Etiquetas de sequências expressas Marcador molecular

Resumo

A proposta consiste na análise inicial de 60 amostras de câncer de próstata com diferentes graus de malignidade e longo acompanhamento clínico (mais de 5 anos), fornecidas pelo banco de tumores do Laboratório de Patologia Celular e Molecular - Hospital Sírio-Libanês, nosso parceiro neste projeto. Utilizaremos para a análise um microarray de oligos customizado, desenhado por nosso grupo de pesquisa a partir do conjunto de transcritos humanos disponível no GenBank, constituído de aproximadamente 5 milhões de ESTs humanas, 230 mil mRNAs e 25 mil seqüências RefSeqs. O desenho priorizou as regiões intrônicas com mais evidência de transcrição, onde se acumulavam mais ESTs, e para as quais havia pouca evidência de que seriam novos exons do gene ali mapeado. O chip possui 44 mil sondas, sendo 32 mil representantes da fita senso e da fita anti-senso de aproximadamente 16.000 mensagens intrônicas não-codificantes, sem evidência de splicing. Pretendemos com essa abordagem procurar, entre esse grupo de transcritos, novos marcadores moleculares de câncer de próstata. Em uma segunda etapa pretendemos caracterizar sua função, iniciando com a superexpressão do transcrito antisenso em células tumorais imortalizadas. As amplificações e hibridizações já estão sendo realizadas para as primeiras amostras. Com a análise das primeiras hibridizações realizadas já foi possível observar genes diferencialmente expressos em tumores de pacientes que apresentaram recidiva do câncer em relação aos demais. (AU)