Heuristicas para problemas de rearranjo de genomas.

• Processo: 07/05574-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2007
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2011
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Teoria da Computação
• Pesquisador responsável: Zanoni Dias
• Beneficiário: Ulisses Martins Dias
• Instituição Sede: Instituto de Computação (IC). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Heurística Transposição
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Classes de Permutações | Diâmetro de Transposição | heuristicas | Rearranjo de Genomas | Reversão | Transposição | Projeto de Algoritmos para Rearranjo de Genomas

Resumo

Rearranjo de Genomas é uma área que tem recebido crescente atenção de pesquisadores no decorrer da última década. Tal atenção se deve a constatação de que os rearranjos são eventos que melhor caracterizam a distância evolutiva entre duas espécies do que o estudo de mutações pontuais. No modelo de rearranjo de genomas, um genoma é representado por uma seqüência de elementos inteiros, onde cada inteiro representa um gene ou um grupo de genes. O objetivo do projeto é desenvolver heurísticas para os problemas de rearranjo de genomas que ainda não possuem solução polinomial, tais heurísticas serão baseadas em técnicas que fogem aos conceitos clássicos na área de rearranjo de genomas como, por exemplo, os modelos baseados em Programação Linear Inteira e Programação por Restrições. Pretendemos, com isso, utilizar contribuições de pesquisas já consolidadas em outras áreas da computação para propiciar novos avanços na área de rearranjo de genomas. Outros objetivos serão contemplados: o primeiro deles é o estudo de restrições que, se satisfeitas pelos genomas, permitem a obtenção de algoritmos polinomiais. O segundo objetivo é a resolução do problema do diâmetro de transposição, que é um problema que continua em aberto, apesar de já possuir alguns resultados parciais.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DIAS, ZANONI; DIAS, ULISSES; SETUBAL, JOAO C.. SIS: a program to generate draft genome sequence scaffolds for prokaryotes. BMC Bioinformatics, v. 13, MAY 14 2012. (07/05574-4)

DIAS, ULISSES; DIAS, ZANONI; SETUBAL, JOAO C.; TANNIER, E. A Simulation Tool for the Study of Symmetric Inversions in Bacterial Genomes. Lecture Notes in Computer Science, v. 6398, p. 3-pg., 2010-01-01. (07/05574-4)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

DIAS, Ulisses Martins. Problemas de comparação de genomas. 2012. Tese de Doutorado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Computação Campinas, SP.