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Algoritmos para o problema da ordenação por rearranjo

Processo: 14/04718-6
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de setembro de 2014
Vigência (Término): 30 de setembro de 2015
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Teoria da Computação
Convênio/Acordo: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Pesquisador responsável:Zanoni Dias
Beneficiário:Gustavo Rodrigues Galvão
Instituição-sede: Instituto de Computação (IC). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Assunto(s):Biologia computacional   Algoritmos

Resumo

Ao longo da evolução, mutações globais podem alterar a ordem dos genes de um genoma. Tais mutações são chamadas de eventos de rearranjo. Em Rearranjo de Genomas, estimamos a distância evolutiva entre dois genomas calculando-se a distância de rearranjo entre eles, que é o tamanho da menor sequência de eventos de rearranjo que transforma um genoma no outro. Representando genomas como permutações, nas quais os genes aparecem como elementos, a distância de rearranjo pode ser obtida resolvendo-se o problema combinatório de ordenar uma permutação utilizando o menor número de eventos de rearranjo. Este problema, que é referido como Problema da Ordenação por Rearranjo, varia de acordo com os tipos de eventos de rearranjo considerados. Neste doutorado, focaremos nosso estudo em dois tipos de eventos: reversões e transposições. Variações do Problema da Ordenação por Rearranjo que consideram esses eventos têm se mostrado difíceis de serem resolvidas otimamente, por isso a maior parte dos algoritmos propostos são aproximados. Nossa proposta é estudar algumas dessas variações, buscando desenvolver algoritmos aproximados ou heurísticos que superem os existentes. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
GALVAO, GUSTAVO RODRIGUES; BAUDET, CHRISTIAN; DIAS, ZANONI. Sorting Circular Permutations by Super Short Reversals. IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, v. 14, n. 3, p. 620-633, MAY-JUN 2017. Citações Web of Science: 2.
GALVAO, GUSTAVO RODRIGUES; LEE, ORLANDO; DIAS, ZANONI. Sorting signed permutations by short operations. Algorithms for Molecular Biology, v. 10, MAR 25 2015. Citações Web of Science: 6.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

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