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O problema de ordenação de permutações usando operações de prefixo e sufixo

Processo: 14/07301-9
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de julho de 2014
Vigência (Término): 31 de dezembro de 2014
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Teoria da Computação
Pesquisador responsável:Zanoni Dias
Beneficiário:Carolina de Senne Garcia
Instituição-sede: Instituto de Computação (IC). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Assunto(s):Biologia computacional

Resumo

Rearranjos são eventos evolutivos que alteram grandes porções do genoma, sem remover ou inserir novos genes. Entre os rearranjos, as reversões e transposições são os tipos mais estudados. A importância deste estudo reside no fato de que podemos comparar dois genomas por meio de cenários que envolvam a transformação de um no outro através de uma série de rearranjos. Esta comparação tem relação com a distância evolutiva entre os genomas pois, pelo princípio da parcimônia, é razoável assumir que tal distância é dada pela sequência mínima dos rearranjos necessários para a realização desta transformação. Na Biologia Computacional, é comum utilizar permutações para representar sequências de genes e, na comparação de duas permutações, se considerarmos que uma delas é a identidade, então o problema se resume a ordenar a outra permutação. Neste projeto de iniciação científica, pretendemos estudar a ordenação de permutações por meio de reversões e transposições nas suas versões de prefixo e sufixo, ou seja, por meio de operações que envolvem segmentos do início e do fim da permutação. Tais problemas são relativamente novos e ainda há poucos resultados conhecidos sobre eles. Esta proposta apresenta os principais conceitos e definições necessários para o estudo de rearranjos de genomas, bem como os objetivos do trabalho, que envolvem a pesquisa de classes de permutações para as quais é possível determinar a distância de ordenação exata.

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