Busca de marcadores moleculares tecido-associados em regioes transcritas nao caracterizadas do genoma humano.

• Processo: 07/55791-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de fevereiro de 2008
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2009
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Helena Paula Brentani
• Beneficiário: Barbara Pereira de Mello
• Instituição Sede: Hospital A C Camargo. Fundação Antonio Prudente (FAP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): RNAs não codificadores Reação em cadeia da polimerase em tempo real Marcador molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Hcgp | Mapeamento Genomico | Marcadores Moleculares | Pcr Em Tempo Real | Rnas Nao Codificadores | Variantes De Splicing

Resumo

Hoje, confrontamos novamente o dogma central da biologia, partindo de uma visão de que o genoma humano é amplamente transcrito e que as regiões não codificadoras exercem um importante papel na regulação do genoma humano. Com foco na atividade transcricional do genoma humano, foi desenvolvido um trabalho de mestrado, em que construímos um microarranjo de cDNAs composto por seqüências ORESTES resultantes do Projeto Genoma do Câncer Humano (Human Câncer Genome Project- HCGP) (FAPESP/LICR - HCGP) que não se alinharam com seqüências de cDNA geradas por outros projetos. Este arranjo foi hibridizado contra 56 cDNAs derivados de tecidos humanos normais ou tumorais de regiões topográficas distintas, resultando na identificação de 3.194 regiões transcritas do genoma humano que ainda não foram descritas por nenhum outro projeto de seqüenciamento de ESTs. Acreditando que parte dessas seqüências possam representar RNAs não codificadores e variantes de splicing e, devido ao valor desses tipos de seqüências como marcadores moleculares de diagnóstico, prognóstico e no tratamento do câncer, propomos uma reanálise computacional das seqüências que compõem a lâmina utilizada no trabalho de mestrado, como também uma analise da expressão diferencial das mesmas buscando variações de expressão transcritos tecido-associadas, tumor-associado e tumor/tecido-associadas, com posterior validação biológica em amostras de tecidos normais ou tumorais através da técnica de PCR em tempo real. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MELLO, BARBARA P.; ABRANTES, EDUARDO F.; TORRES, CESAR H.; MACHADO-LIMA, ARIANE; FONSECA, ROGRIO DA SILVA; CARRARO, DIRCE M.; BRENTANI, RICARDO R.; REIS, LUIZ F. L.; BRENTANI, HELENA. No-match ORESTES explored as tumor markers. Nucleic Acids Research, v. 37, n. 8, p. 2607-2617, MAY 2009. (07/01549-5, 04/11774-8, 07/55791-1)