Desenvolvimento de marcadores SSR, M-AFLP e SNP visando à integração de mapas genético-moleculares de Passiflora alata Curtis

• Processo: 09/06860-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2009
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2011
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
• Pesquisador responsável: Maria Lúcia Carneiro Vieira
• Beneficiário: Guilherme da Silva Pereira
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Assunto(s): Marcador molecular Mapeamento genético Melhoramento genético vegetal Polimorfismo de um único nucleotídeo Passiflora
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Mapa de ligação | Maracujá-doce | marcadores moleculares | Snp | Ssr | Mapa genético

Resumo

Nosso grupo de pesquisa vem trabalhado visando gerar dados sobre a genética e o melhoramento das passifloras cultivadas, sobretudo o maracujá-amarelo e o doce, dando ênfase à construção de mapas genético-moleculares. Embora não exista uma variedade comercial melhorada para a cultura, o maracujá-doce (P. alata) vem ganhando espaço no mercado. Nas espécies em que ocorre auto-incompatibilidade e o cruzamento entre indivíduos é obrigatório, como o maracujazeiro, não é possível a obtenção de populações convencionais de mapeamento. Por isso, utiliza-se a técnica 2-way pseudo-testcross para a geração de mapas, usando uma população F1 segregante e marcas dominantes, o que resulta na geração de mapas individuais, sendo um por genitor. A inconveniência desta estratégia tem sido superada pelo uso de marcadores codominantes e estatísticas mais robustas. Mapas contendo marcadores AFLP, SSR e RGA têm sido construídos em nosso Laboratório, entretanto, o nível de saturação com marcas codominantes é ainda baixo. Assim, os SNPs são potenciais marcas-ponte entre os mapas, pois são codominantes e abundantes no genoma de plantas. O presente projeto objetiva gerar um mapa integrado de P. alata usando novos marcadores SSR e SNP. Os locos SSR serão desenvolvidos a partir de uma biblioteca genômica enriquecida, já construída. Os SNPs serão detectados nos genitores comparando-se a seqüência amplificada por primers que flanqueiam (i) seqüências expressas relacionadas à qualidade de frutos disponíveis no GenBank e (ii) locos de AFLP e SSR já conhecidos em P. alata. Primers específicos serão desenhados para detecção de cada alelo de SNP na população de mapeamento. De posse dos dados de genotipagem, serão verificadas distorções da segregação e, em seguida, estabelecidos os grupos de ligação com auxílio de software específico. Com os dados deste projeto, pretende-se subsidiar trabalhos de mapeamento de QTL.

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

PEREIRA, Guilherme da Silva. Desenvolvimento de marcadores SSR, M-AFLP e SNP visando à integração de mapas genético-moleculares de Passiflora alata Curtis. 2011. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALA/BC) Piracicaba.