Biologia Sistêmica de Plasmodium vivax: análise computacional do genoma e transcritoma do parasita

• Processo: 09/11865-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2010
• Data de Término da vigência: 29 de fevereiro de 2012
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Parasitologia
• Pesquisador responsável: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio
• Beneficiário: Bruna Renata Silva Corrêa
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Biologia molecular Malária Plasmodium vivax Genômica Biologia sistêmica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Biologia molecular | biologia sistêmica | Genômica | malária | Plasmodium vivax | Bioinformática

Resumo

Plasmodium vivax é o parasita causador de malária humana com maior distribuição no planeta, sendo responsável pela redução da qualidade de vida de milhões de pessoas em todo o mundo. Apesar disso, seu estudo é muitas vezes negligenciado, em relação à malária letal, talvez pela percepção equivocada de sua menor gravidade. Assim, é importante investir em desvendar a biologia de P. vivax e sua interação com o sistema imune dos pacientes. Através de metodologias de Biologia Sistêmica, acredita-se que será possível elucidar os mecanismos utilizados por P. vivax para escapar da eliminação pelo baço e, assim, desenvolver uma infecção crônica. Os tiling arrays são ferramentas cruciais da Biologia Sistêmica para atingir este objetivo, pois possibilitam, por exemplo, o estudo de fatores de transcrição em redes de regulação gênica (técnica ChIP-chip), a comprovação da expressão de genes ainda não identificados (anotação estrutural experimental), além da estrutura de transcritos de genes já conhecidos ou preditos. Entretanto, a construção de um tiling array para futuras experimentações, apesar de ser relativamente simples experimentalmente, já que está disponível comercialmente, exige intensos esforços computacionais no seu planejamento, principalmente quando não é possível imprimir sondas para o genoma todo. Primeiramente, será realizada a melhoria da anotação disponível do genoma do parasita, já que esta informação servirá também como base para o desenvolvimento do array. Em uma segunda etapa, será projetado um tiling array de P. vivax, por meio da seleção das sondas de interesse no genoma, para a realização de estudos do transcritoma do parasita isolado de pacientes da região amazônica, coordenados por parasitólogos moleculares, parceiros internacionais do projeto. Finalmente, dependendo do sucesso da etapa anterior, será realizada a análise estatística dos dados desse experimento. Dessa forma, espera-se contribuir indiretamente, por meio da Bioinformática, para o esclarecimento das estratégias de fuga e estabelecimento de infecções crônicas utilizadas por P. vivax, conhecimento esse que poderá ser aplicado na contenção da malária causada por P. vivax, assim como no desenvolvimento de drogas e vacinas mais eficazes no combate à doença.

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

CORRÊA, Bruna Renata Silva. Análise computacional do genoma e transcritoma de Plasmodium vivax: contribuições da bioinformática para o estudo da malária. 2012. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.