Tecnologia da informação aplicada à genômica para bioenergia: anotação probabilística usando inteligência artificial

• Processo: 10/50491-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2010
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2012
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Acordo de Cooperação: Microsoft Research
• Pesquisador responsável: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio
• Beneficiário: Danillo Cunha de Almeida e Silva
• Instituição Sede: Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Cana-de-açúcar Genomas Inteligência artificial Bioenergia
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Anotacao | Bioenergia | Cana-De-Acucar | Genoma | Inteligencia Artificial | Transcritoma

Resumo

A pesquisa em Anotação Probabilística Automática a ser conduzida tem muito a se beneficiar do envolvimento de um estudante de pós-graduação, desde os passos básicos no entendimento do arcabouço teórico até a efetiva aplicação da metodologia para a anotação da cana-de-açúcar. O início do projeto consistirá no estudo deste problema científico a partir de seus fundamentos, isto é, o estudo das BNs, uma metodologia de Inteligência Artificial. O plano de trabalho básico para o estudante de mestrado compreenderá: (I) estudo das BNs e Anotação Probabilística, (II) reprodução do método SIFTER e (III) aplicação da metodologia para anotação de 2 genomas pequenos de interesse em Bioenergia e (IV) anotação de todos os ESTs disponíveis de cana-de-açúcar. Os organismos alvo, com genomas relativamente pequenos e de aplicação direta aos propósitos do programa BIOEN serão a bactéria Leifsonia xyli, que causa o raquitismo-da-soqueira em cana, e o Trichoderrna reesei, um fungo filamentoso que secretas enzimas que degradam celulose. A avaliação dos resultados baseada em conhecimento biológico será encorajada, incentivando a colaboração entre os membros do laboratório e colaboradores externos no programa BIOEN. Ao término de sua pós-graduação o estudante deverá capaz de entender o arcabouço teórico e aplicá-lo qualquer problema real. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

SILVA, Danillo Cunha de Almeida e. Sifter-T: Um framework escalável para anotação filogenômica probabilística funcional de domínios protéicos. 2013. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.