Sequenciamento e análise de ESTs de café: identificação de elementos transponíveis ativos e de cassetes de TEs em genes transcritos

• Processo: 08/09334-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2008
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2009
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Claudia Marcia Aparecida Carareto
• Beneficiário: Elias Alberto Gutierrez Carnelossi
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 08/05894-1 - Análise da expressão de genes portadores de cassetes de elementos transponíveis e elementos ativos em espécies diplóides (C. canephora, C. eugenoides, C. racemosa) e poliplóide (C. arabica) de Coffea, AP.R
• Assunto(s): Coffea arabica Coffea canephora Elementos de DNA transponíveis
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: atividade transcricional | Coffea arabica | Coffea canephora | Coffea racemosa | Elementos transponíveis | Genetica e Evolução de Elementos Transponíveis

Resumo

Para a caracterização da atividade transcricional de TEs e de genes contendo TEs em diferentes tecidos nas três espécies de Coffea (C. arabica, C. canephora e C. racemosa) e para a análise da ativação da transposição de TEs e do aumento do número de cópias em decorrência da hibridização e poliploidização (pela comparação da espécie híbrida poliplóide -C. arabica- com suas parentais diplóides - C. canephora e C. eugenoides) será necessário seqüenciar 247 clones de cDNA das três espécies de Coffea selecionadas pelo projeto Genoma Café Brasileiro. Nessa solicitação prevê-se a realização de análises laboratoriais que propiciarão a obtenção das seqüências alvo para realização de análises de macroarranjos, PCR em tempo real e southern blot, que permitirão atingir aos objetivos acima descritos. Nessa etapa, a disponibilidade de um técnico de laboratório é essencial para garantir uma dinâmica inerente a uma análise em larga escala, como a prevista no projeto, bem como propiciará a ele treinamento em técnicas em análise molecular e genômica e de bioinformática básica.